More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TBFG_13492 on replicon NC_009565
Organism: Mycobacterium tuberculosis F11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 297 aa  589  1e-167  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  76.36 
 
 		 299 aa  427  1e-119  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  76.73 
 
 		 299 aa  429  1e-119  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  76.73 
 
 		 299 aa  429  1e-119  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  71.33 
 
 		 298 aa  420  1e-116  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  76 
 
 		 299 aa  410  1e-113  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  59.71 
 
 		 291 aa  314  9.999999999999999e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  59.21 
 
 		 273 aa  301  9e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  63.05 
 
 		 305 aa  300  2e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  57.76 
 
 		 282 aa  285  7e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  56.93 
 
 		 314 aa  281  9e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  57.04 
 
 		 300 aa  276  3e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  57.91 
 
 		 274 aa  271  1e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  55.97 
 
 		 294 aa  266  2e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  55.76 
 
 		 300 aa  265  7e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  55.23 
 
 		 268 aa  259  3e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  55.64 
 
 		 296 aa  259  4e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  55.76 
 
 		 275 aa  257  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  54.06 
 
 		 288 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 		 279 aa  253  3e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  51.94 
 
 		 284 aa  251  7e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  54.77 
 
 		 286 aa  248  1e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  50 
 
 		 297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  51.4 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  54.75 
 
 		 276 aa  228  7e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  47.27 
 
 		 346 aa  225  6e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  47.62 
 
 		 287 aa  224  1e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  52.08 
 
 		 297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  49.62 
 
 		 276 aa  219  6e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  46.98 
 
 		 310 aa  215  7e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  47.93 
 
 		 293 aa  215  9e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  43.51 
 
 		 280 aa  200  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  43.9 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  41.02 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  54.64 
 
 		 360 aa  194  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  39.67 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  44.63 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  50.43 
 
 		 252 aa  166  4e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 272 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 259 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 257 aa  154  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  38.22 
 
 		 247 aa  152  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  37.31 
 
 		 268 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 294 aa  149  8e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 247 aa  147  3e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  37.84 
 
 		 251 aa  145  9e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  32.34 
 
 		 262 aa  145  9e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  37.84 
 
 		 251 aa  145  9e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  32.34 
 
 		 262 aa  145  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  33.83 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  38.26 
 
 		 260 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  33.83 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  37.1 
 
 		 271 aa  142  6e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 271 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  34.62 
 
 		 259 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  34.72 
 
 		 262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  37.84 
 
 		 245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  32.35 
 
 		 274 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 270 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 		 262 aa  139  3.9999999999999997e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.02 
 
 		 246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  32.18 
 
 		 245 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  37.84 
 
 		 251 aa  139  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 270 aa  139  6e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  34.59 
 
 		 270 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  34.59 
 
 		 270 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  34.59 
 
 		 270 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  34.59 
 
 		 270 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  34.59 
 
 		 270 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  37.16 
 
 		 254 aa  139  6e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.110217 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 270 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 270 aa  139  7e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 270 aa  139  7e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  33.82 
 
 		 270 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 266 aa  139  7.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  35.29 
 
 		 276 aa  138  8.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  34.1 
 
 		 264 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  32.82 
 
 		 264 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  37.79 
 
 		 248 aa  138  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  33.59 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  33.71 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  33.59 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  33.21 
 
 		 274 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 245 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.33 
 
 		 244 aa  136  4e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  32.48 
 
 		 284 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  31.6 
 
 		 256 aa  136  4e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 		 288 aa  136  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 270 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  33.71 
 
 		 270 aa  136  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1104  tRNA pseudouridine synthase A  35.29 
 
 		 276 aa  136  5e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.723318  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  32.85 
 
 		 286 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 245 aa  135  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  34.33 
 
 		 270 aa  135  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  38.7 
 
 		 245 aa  135  9e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  32.85 
 
 		 284 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  32.71 
 
 		 275 aa  134  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>