More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mkms_1132 on replicon NC_008705
Organism: Mycobacterium sp. KMS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  99.67 
 
 		 299 aa  593  1e-169  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 299 aa  595  1e-169  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 299 aa  595  1e-169  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  76.43 
 
 		 299 aa  441  1e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  73.06 
 
 		 298 aa  435  1e-121  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  76.73 
 
 		 297 aa  431  1e-120  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  61.65 
 
 		 273 aa  317  1e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  58.31 
 
 		 291 aa  310  2.9999999999999997e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  58.16 
 
 		 282 aa  294  1e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  57.09 
 
 		 314 aa  289  4e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  62.5 
 
 		 305 aa  287  1e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  55.99 
 
 		 300 aa  271  1e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  55.64 
 
 		 296 aa  259  6e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  55.76 
 
 		 274 aa  258  1e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  51.51 
 
 		 300 aa  257  2e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 		 279 aa  256  2e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  54.04 
 
 		 288 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  54.12 
 
 		 268 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  52.3 
 
 		 284 aa  251  1e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  53 
 
 		 275 aa  250  2e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  54.41 
 
 		 294 aa  248  1e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  51.45 
 
 		 297 aa  239  5e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  52.5 
 
 		 286 aa  234  1.0000000000000001e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  51.36 
 
 		 346 aa  232  6e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  52.99 
 
 		 297 aa  229  4e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  49.47 
 
 		 310 aa  227  2e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  53.38 
 
 		 276 aa  227  2e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  49.29 
 
 		 287 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  49.13 
 
 		 293 aa  225  8e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  51.01 
 
 		 306 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  48.39 
 
 		 276 aa  218  7e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  46.04 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  43.26 
 
 		 280 aa  205  7e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  40.85 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  44.88 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  39.8 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  51.85 
 
 		 360 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  51.48 
 
 		 252 aa  176  4e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  38.64 
 
 		 259 aa  158  1e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 259 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  36.92 
 
 		 264 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  37.31 
 
 		 272 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  39 
 
 		 247 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  38.66 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  34.87 
 
 		 264 aa  151  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  37.36 
 
 		 262 aa  150  3e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 257 aa  149  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 264 aa  149  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  35.61 
 
 		 262 aa  149  7e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  35.61 
 
 		 262 aa  148  9e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  36.74 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  36.74 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  36.74 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  36.74 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  36.43 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  36.43 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  36.43 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  36.74 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  36.43 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  36.43 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  38.7 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  38.7 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  36.54 
 
 		 268 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 271 aa  147  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 271 aa  147  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 		 247 aa  145  5e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  35.19 
 
 		 262 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  33.58 
 
 		 262 aa  144  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  36.67 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  36.92 
 
 		 263 aa  143  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  40.15 
 
 		 260 aa  143  4e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 		 283 aa  142  5e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 		 255 aa  142  7e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  37.64 
 
 		 271 aa  142  7e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 259 aa  142  9e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  35.5 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  38.22 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  35.11 
 
 		 244 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 245 aa  140  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 247 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  34.07 
 
 		 274 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.27 
 
 		 246 aa  139  4.999999999999999e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  36.57 
 
 		 254 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 247 aa  138  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  34.06 
 
 		 284 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  36.5 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  34.6 
 
 		 274 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  36.23 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  32.82 
 
 		 245 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  35.96 
 
 		 283 aa  136  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>