More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3380 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 273 aa  541  1e-153  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  65.84 
 
 		 291 aa  361  6e-99  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  61.65 
 
 		 299 aa  318  5e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  61.65 
 
 		 299 aa  317  1e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  61.65 
 
 		 299 aa  317  1e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  66.04 
 
 		 314 aa  311  9e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  59.21 
 
 		 297 aa  302  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  59.5 
 
 		 298 aa  299  3e-80  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  60.29 
 
 		 299 aa  291  8e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  61.96 
 
 		 296 aa  290  2e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  61.42 
 
 		 282 aa  290  3e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  58.3 
 
 		 300 aa  284  1.0000000000000001e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  60.08 
 
 		 274 aa  283  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  58.48 
 
 		 288 aa  282  4.0000000000000003e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  57.45 
 
 		 300 aa  278  8e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  58.46 
 
 		 294 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  58.27 
 
 		 276 aa  271  9e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  59.61 
 
 		 276 aa  267  1e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  56.18 
 
 		 279 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  56.88 
 
 		 284 aa  265  7e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  55.47 
 
 		 297 aa  264  1e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  60.46 
 
 		 275 aa  264  1e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  56.02 
 
 		 268 aa  262  3e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  55.12 
 
 		 286 aa  254  2.0000000000000002e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  52.54 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  54.55 
 
 		 297 aa  241  9e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  52.5 
 
 		 305 aa  236  2e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  51.27 
 
 		 293 aa  231  8.000000000000001e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  50.53 
 
 		 346 aa  229  3e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  48.41 
 
 		 287 aa  226  2e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  45.55 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  46.21 
 
 		 310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  44.09 
 
 		 280 aa  209  3e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  41.25 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  46.43 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  54.11 
 
 		 252 aa  202  7e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  52.2 
 
 		 360 aa  185  6e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  39.67 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  34.12 
 
 		 256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 262 aa  159  4e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 		 270 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 264 aa  155  9e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  42.39 
 
 		 257 aa  154  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  38.22 
 
 		 264 aa  152  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  38.21 
 
 		 244 aa  152  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 270 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 		 271 aa  150  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 245 aa  150  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  39.2 
 
 		 271 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  37.11 
 
 		 274 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  39.2 
 
 		 271 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 267 aa  149  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 285 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.55 
 
 		 261 aa  149  7e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.55 
 
 		 261 aa  149  7e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  39.46 
 
 		 271 aa  148  8e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  39.46 
 
 		 271 aa  148  8e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 		 252 aa  148  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  37.16 
 
 		 287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 		 245 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 250 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  39.13 
 
 		 274 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  35.38 
 
 		 285 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 259 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 		 245 aa  147  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  31.58 
 
 		 245 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1318  tRNA pseudouridine synthase A  39.44 
 
 		 282 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620089  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 		 274 aa  145  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  36.08 
 
 		 261 aa  145  5e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  36.08 
 
 		 261 aa  145  5e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  36.08 
 
 		 261 aa  145  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 264 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 244 aa  145  7.0000000000000006e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 245 aa  145  8.000000000000001e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  31.58 
 
 		 260 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 		 245 aa  143  3e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 250 aa  143  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  40.94 
 
 		 254 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  38.13 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 		 245 aa  142  5e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 273 aa  142  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 		 245 aa  142  7e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 253 aa  142  7e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 		 261 aa  142  7e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  34.24 
 
 		 255 aa  142  7e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 283 aa  142  8e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 261 aa  142  8e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>