More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0785 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 252 aa  531  1e-150  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  59.76 
 
 		 252 aa  307  9e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  52.82 
 
 		 248 aa  280  1e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  53.82 
 
 		 248 aa  276  2e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  47.74 
 
 		 284 aa  240  1e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  47.41 
 
 		 250 aa  239  4e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  46.03 
 
 		 253 aa  227  1e-58  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0668  tRNA pseudouridine synthase A  41.41 
 
 		 261 aa  211  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  41.39 
 
 		 258 aa  205  7e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1421  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 250 aa  194  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.126301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  42.15 
 
 		 252 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3657  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 269 aa  168  6e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  36.95 
 
 		 262 aa  160  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 244 aa  153  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 270 aa  153  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  35.22 
 
 		 244 aa  149  3e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 264 aa  149  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 264 aa  149  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  36.07 
 
 		 245 aa  149  4e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 261 aa  149  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 259 aa  148  9e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 		 273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  36.1 
 
 		 262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  36.11 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 		 244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 262 aa  146  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 261 aa  146  3e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 261 aa  146  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  37.11 
 
 		 264 aa  146  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 283 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 270 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 270 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 270 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 270 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 270 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  36.55 
 
 		 249 aa  145  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  35.12 
 
 		 264 aa  145  5e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  36.76 
 
 		 261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  36.72 
 
 		 261 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  36.14 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 270 aa  145  9e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  35.86 
 
 		 256 aa  144  1e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  38.82 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 261 aa  144  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 270 aa  143  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 270 aa  143  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  37.86 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 270 aa  143  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 248 aa  143  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 248 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  37.94 
 
 		 269 aa  144  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 		 247 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 269 aa  143  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 253 aa  142  5e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  37.11 
 
 		 261 aa  142  5e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 293 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 293 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 261 aa  141  8e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 261 aa  142  8e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  34.39 
 
 		 262 aa  140  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  34.39 
 
 		 262 aa  140  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  36.65 
 
 		 259 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  35.06 
 
 		 252 aa  140  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.2 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.2 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  35.43 
 
 		 273 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 261 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  34.14 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2986  tRNA pseudouridine synthase A  32.69 
 
 		 272 aa  139  3e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 		 258 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  36.48 
 
 		 252 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 244 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  35.29 
 
 		 259 aa  138  7e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 245 aa  138  7e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  34.9 
 
 		 261 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 271 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 271 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.69 
 
 		 244 aa  137  1e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 258 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  35.69 
 
 		 261 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  35.69 
 
 		 261 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  34.39 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  36.08 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.96 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 		 263 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  35.69 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>