More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cfla_2620 on replicon NC_014151
Organism: Cellulomonas flavigena DSM 20109



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 306 aa  594  1e-169  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  66.67 
 
 		 293 aa  365  1e-100  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  66.78 
 
 		 286 aa  344  1e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  58.39 
 
 		 287 aa  312  3.9999999999999997e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  59.22 
 
 		 297 aa  291  7e-78  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  56.94 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  60.14 
 
 		 296 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  58.57 
 
 		 294 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  57.77 
 
 		 346 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  58.39 
 
 		 268 aa  282  5.000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  58.54 
 
 		 288 aa  280  2e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  58.57 
 
 		 279 aa  270  2e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  61.71 
 
 		 297 aa  265  5.999999999999999e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  48.37 
 
 		 305 aa  259  4e-68  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  51.38 
 
 		 280 aa  257  2e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  55.52 
 
 		 284 aa  256  3e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  50.51 
 
 		 297 aa  251  7e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  56.03 
 
 		 274 aa  249  4e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  47 
 
 		 303 aa  249  5e-65  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  52.54 
 
 		 273 aa  244  9.999999999999999e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  56.06 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  55.63 
 
 		 282 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  54.96 
 
 		 314 aa  241  2e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  54.86 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  61.83 
 
 		 252 aa  235  6e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  51.4 
 
 		 297 aa  232  6e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  50.51 
 
 		 297 aa  231  8.000000000000001e-60  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  53.55 
 
 		 275 aa  231  1e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  51.05 
 
 		 300 aa  226  3e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  49.14 
 
 		 291 aa  224  2e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  51.01 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  51.01 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  51.57 
 
 		 299 aa  222  6e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  49.14 
 
 		 298 aa  215  7e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  51.55 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  51.12 
 
 		 276 aa  209  5e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 276 aa  207  2e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  57.89 
 
 		 360 aa  196  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  37.68 
 
 		 261 aa  158  1e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  37.68 
 
 		 261 aa  158  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 274 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 274 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 262 aa  156  5.0000000000000005e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  37.67 
 
 		 274 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  36.88 
 
 		 287 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 294 aa  150  4e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 271 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 271 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  38.18 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  39.22 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  37.59 
 
 		 288 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  38.81 
 
 		 270 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  38.24 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 284 aa  145  9e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  33.93 
 
 		 274 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  39.86 
 
 		 265 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.85 
 
 		 244 aa  145  1e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  36.56 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  34.75 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  34.75 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  34.75 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  37.18 
 
 		 259 aa  143  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  34.06 
 
 		 275 aa  143  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  40.98 
 
 		 257 aa  143  3e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 274 aa  142  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 263 aa  143  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  37.63 
 
 		 286 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  35.46 
 
 		 261 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  36.46 
 
 		 261 aa  143  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 245 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 264 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  38.35 
 
 		 271 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  40.45 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  37.28 
 
 		 284 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  36.52 
 
 		 285 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  35.11 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  35.11 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  35.42 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  33.45 
 
 		 269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  35.11 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  36.92 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 258 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  37.59 
 
 		 267 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  37.99 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  35.46 
 
 		 278 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  39.86 
 
 		 261 aa  140  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  35.87 
 
 		 261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  36.17 
 
 		 285 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  34.05 
 
 		 261 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.78 
 
 		 272 aa  139  4.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  37.99 
 
 		 271 aa  139  6e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 273 aa  139  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  36.67 
 
 		 252 aa  138  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>