More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2893 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 254 aa  521  1e-147  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  67.61 
 
 		 246 aa  348  6e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  67.47 
 
 		 254 aa  325  4.0000000000000003e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  55.28 
 
 		 268 aa  281  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  55.51 
 
 		 247 aa  277  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  55.02 
 
 		 278 aa  275  7e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  54.25 
 
 		 272 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  56.33 
 
 		 247 aa  272  4.0000000000000004e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  55.1 
 
 		 248 aa  266  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  52.02 
 
 		 259 aa  264  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  54.07 
 
 		 245 aa  259  4e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  53.63 
 
 		 255 aa  258  8e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  51.02 
 
 		 246 aa  256  3e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 249 aa  251  8.000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  52.02 
 
 		 260 aa  250  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  54.29 
 
 		 245 aa  250  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  54.29 
 
 		 245 aa  248  9e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  50.61 
 
 		 251 aa  247  1e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  50.61 
 
 		 251 aa  247  1e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  54.29 
 
 		 245 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  52.02 
 
 		 249 aa  246  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  48.57 
 
 		 247 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 251 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  52.65 
 
 		 245 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  54.47 
 
 		 245 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  54.88 
 
 		 245 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  50.8 
 
 		 259 aa  232  5e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  49 
 
 		 261 aa  229  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  51.2 
 
 		 257 aa  229  4e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  51.01 
 
 		 255 aa  228  9e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 245 aa  224  1e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  48.41 
 
 		 255 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  48.41 
 
 		 255 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 		 245 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  49.21 
 
 		 257 aa  219  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 		 258 aa  218  7e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  46.64 
 
 		 253 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  45.2 
 
 		 250 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 		 245 aa  212  5.999999999999999e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  45.38 
 
 		 252 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  44.18 
 
 		 250 aa  209  4e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  48.81 
 
 		 261 aa  207  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  45.93 
 
 		 250 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  46.34 
 
 		 254 aa  202  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 		 270 aa  199  3.9999999999999996e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 243 aa  196  2.0000000000000003e-49  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  43.9 
 
 		 271 aa  191  1e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  41.5 
 
 		 289 aa  186  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  44.62 
 
 		 271 aa  186  3e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  44.62 
 
 		 271 aa  186  3e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 259 aa  185  8e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  41.73 
 
 		 274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 269 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  40.96 
 
 		 264 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  43.15 
 
 		 261 aa  179  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 264 aa  178  5.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 261 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  41.37 
 
 		 264 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 262 aa  177  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 274 aa  175  5e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 261 aa  175  6e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 270 aa  175  6e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 263 aa  175  8e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 262 aa  174  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 274 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 260 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 261 aa  172  5e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 271 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  40.49 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  40.89 
 
 		 261 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 		 261 aa  169  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  38.96 
 
 		 267 aa  169  4e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 261 aa  169  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  40.89 
 
 		 261 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 284 aa  168  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  40.89 
 
 		 261 aa  168  6e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 261 aa  168  6e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 332 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 269 aa  168  6e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 261 aa  168  6e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 261 aa  168  6e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 270 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 270 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 271 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 270 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 270 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 270 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 271 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 261 aa  168  8e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>