More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_0389 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010655  Amuc_0389  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
265 aa  546  1e-154  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 
247 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 
247 aa  166  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 
248 aa  166  5e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  37.07 
 
 
250 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 
245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  34.21 
 
 
267 aa  162  5.0000000000000005e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  34.21 
 
 
267 aa  162  5.0000000000000005e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  35.97 
 
 
244 aa  161  9e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  37.94 
 
 
252 aa  160  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  35.97 
 
 
244 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 
262 aa  159  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  39.06 
 
 
258 aa  159  6e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  35.97 
 
 
244 aa  158  1e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  34.39 
 
 
244 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16531  tRNA pseudouridine synthase A  37.21 
 
 
289 aa  155  9e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0673067  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 
252 aa  154  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  36.74 
 
 
259 aa  154  1e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 
247 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 
247 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 
247 aa  154  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  34.65 
 
 
252 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 
247 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  37.26 
 
 
278 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 
250 aa  153  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.65 
 
 
247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  37.45 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  37.45 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  34.25 
 
 
252 aa  152  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 
271 aa  152  7e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 
254 aa  152  8e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
264 aa  151  8.999999999999999e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  34.25 
 
 
247 aa  151  1e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 
246 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  34.25 
 
 
252 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 
252 aa  149  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 
270 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  36.68 
 
 
262 aa  149  5e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  35.91 
 
 
253 aa  149  5e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 
244 aa  149  6e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  34.83 
 
 
258 aa  148  7e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 
276 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 
274 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  34.23 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  38.22 
 
 
274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  35.02 
 
 
249 aa  146  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 
245 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  36.05 
 
 
256 aa  145  5e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  35.41 
 
 
244 aa  145  5e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  37.15 
 
 
256 aa  145  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 
244 aa  145  5e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 
250 aa  145  9e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  36.47 
 
 
265 aa  145  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1104  tRNA pseudouridine synthase A  33.08 
 
 
276 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.723318  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 
255 aa  143  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  34.46 
 
 
268 aa  143  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1444  tRNA pseudouridine synthase A  39.22 
 
 
257 aa  143  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 
270 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 
275 aa  144  2e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 
261 aa  143  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  35.69 
 
 
244 aa  142  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 
274 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  36.54 
 
 
272 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 
248 aa  142  4e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3528  tRNA pseudouridine synthase A  41.9 
 
 
268 aa  142  5e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.543729  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 
260 aa  142  6e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 
249 aa  142  6e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  36.43 
 
 
261 aa  142  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 
248 aa  141  9e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  36.68 
 
 
259 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 
271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  37.21 
 
 
267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 
271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  36.54 
 
 
268 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 
245 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  34.73 
 
 
289 aa  139  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  35.52 
 
 
293 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  35.52 
 
 
293 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  38.7 
 
 
246 aa  139  6e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
268 aa  139  7e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
270 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
270 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
270 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
270 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
270 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
264 aa  138  8.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17251  tRNA pseudouridine synthase A  33.71 
 
 
268 aa  138  8.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 
245 aa  138  8.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  35.38 
 
 
306 aa  138  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  34.5 
 
 
261 aa  137  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  34.9 
 
 
267 aa  137  2e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  36.02 
 
 
246 aa  137  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2207  tRNA pseudouridine synthase A  33.96 
 
 
294 aa  136  3.0000000000000003e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 
270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 
270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  34.38 
 
 
245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  34.25 
 
 
269 aa  135  6.0000000000000005e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23281  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 
295 aa  135  7.000000000000001e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  34.36 
 
 
262 aa  135  8e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>