More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_1712 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_1712  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 243 aa  491  9.999999999999999e-139  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000199289  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 244 aa  168  8e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 245 aa  165  5e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1064  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 247 aa  165  5e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000223537  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 245 aa  164  8e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 245 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 260 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 245 aa  161  7e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 245 aa  161  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  39.75 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  39.75 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 245 aa  161  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 244 aa  159  3e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  36.07 
 
 		 244 aa  159  3e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  36.07 
 
 		 244 aa  159  5e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 		 284 aa  158  8e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 		 244 aa  157  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 		 245 aa  156  3e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 244 aa  155  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  36.18 
 
 		 262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  38.27 
 
 		 245 aa  155  7e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  34.58 
 
 		 248 aa  155  7e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 247 aa  154  9e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 248 aa  152  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  35.22 
 
 		 251 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  35.22 
 
 		 251 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 245 aa  151  8e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  35.37 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 248 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  35.12 
 
 		 284 aa  149  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  36.48 
 
 		 250 aa  150  3e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  35.12 
 
 		 274 aa  148  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 264 aa  148  8e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 		 286 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 		 332 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  34.82 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  32.78 
 
 		 284 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  35.95 
 
 		 274 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 252 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 		 260 aa  145  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 285 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.03 
 
 		 270 aa  145  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 252 aa  145  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 305 aa  144  9e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  34.44 
 
 		 259 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 246 aa  143  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.55 
 
 		 272 aa  143  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  36.95 
 
 		 252 aa  142  3e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.8 
 
 		 244 aa  142  4e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  34.85 
 
 		 252 aa  142  6e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 		 248 aa  142  6e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.8 
 
 		 278 aa  141  8e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2986  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 272 aa  141  9e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 253 aa  140  9.999999999999999e-33  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  34.41 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  34.82 
 
 		 259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  34.6 
 
 		 262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  36.11 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 262 aa  139  3.9999999999999997e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 244 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.42 
 
 		 261 aa  139  4.999999999999999e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.42 
 
 		 261 aa  139  4.999999999999999e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 262 aa  139  6e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.41 
 
 		 270 aa  138  7e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 		 271 aa  138  7e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 247 aa  138  8.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  35.83 
 
 		 249 aa  138  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 		 259 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 253 aa  137  2e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  34 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1086  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 258 aa  137  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0863956  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 271 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  34.44 
 
 		 264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  34.41 
 
 		 246 aa  135  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 246 aa  136  4e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 276 aa  136  4e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  30.74 
 
 		 251 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>