More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HY04AAS1_1064 on replicon NC_011126
Organism: Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011126  HY04AAS1_1064  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
247 aa  510  1e-144  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000223537  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1712  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 
243 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000199289  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  33.07 
 
 
247 aa  144  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  34.92 
 
 
260 aa  142  5e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 
284 aa  142  5e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  34.26 
 
 
245 aa  142  7e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  30.47 
 
 
264 aa  140  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 
245 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 
245 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
245 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  32.3 
 
 
250 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 
245 aa  139  6e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  34.52 
 
 
245 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
245 aa  138  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 
245 aa  137  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  34.52 
 
 
252 aa  136  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 
250 aa  137  2e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
253 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 
245 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  33.07 
 
 
245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  35.71 
 
 
246 aa  133  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 
258 aa  133  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  35.71 
 
 
246 aa  133  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  34.25 
 
 
248 aa  131  9e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  32.4 
 
 
256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  34 
 
 
244 aa  130  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 
248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  34 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.37 
 
 
270 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  32.56 
 
 
264 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  35.43 
 
 
253 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  32 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  32.03 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  31.08 
 
 
243 aa  126  3e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 
256 aa  125  5e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  32 
 
 
244 aa  125  9e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  34.92 
 
 
244 aa  124  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  30.28 
 
 
245 aa  124  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  32.8 
 
 
244 aa  123  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.12 
 
 
278 aa  123  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  32.68 
 
 
243 aa  123  3e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  31.08 
 
 
260 aa  122  6e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0964  tRNA pseudouridine synthase A  32.27 
 
 
243 aa  121  8e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  32.95 
 
 
258 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  32.26 
 
 
248 aa  121  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1086  tRNA pseudouridine synthase A  31.87 
 
 
258 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0863956  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  32.4 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  30.42 
 
 
245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 
275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  29.08 
 
 
273 aa  119  3e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  29.8 
 
 
251 aa  120  3e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  34.52 
 
 
248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  32.56 
 
 
248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  30.16 
 
 
270 aa  119  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
247 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  30.59 
 
 
249 aa  119  6e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  31.47 
 
 
248 aa  118  7e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28572  predicted protein  32.82 
 
 
286 aa  118  7e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0301527  hitchhiker  0.000000212396 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.69 
 
 
270 aa  118  7.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  30.68 
 
 
245 aa  118  7.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3657  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
269 aa  118  9e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  30.8 
 
 
271 aa  117  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  32.02 
 
 
261 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  30.68 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0696  tRNA pseudouridine synthase A  31.06 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.214001  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1421  tRNA pseudouridine synthase A  31.17 
 
 
250 aa  116  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.126301  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.67 
 
 
245 aa  116  3e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  27.64 
 
 
266 aa  116  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  29.77 
 
 
300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  31.56 
 
 
276 aa  115  6e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.238902 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  30.04 
 
 
259 aa  115  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  28.69 
 
 
270 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  27.17 
 
 
274 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  32.51 
 
 
267 aa  115  8.999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  32.51 
 
 
267 aa  115  8.999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  29.39 
 
 
262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  29.2 
 
 
288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  29.6 
 
 
262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  27.17 
 
 
272 aa  115  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  29.18 
 
 
245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  30.27 
 
 
246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 
262 aa  113  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  32.02 
 
 
246 aa  113  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0668  tRNA pseudouridine synthase A  29.81 
 
 
261 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  27.89 
 
 
270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  30.95 
 
 
247 aa  113  3e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  31.89 
 
 
252 aa  112  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3528  tRNA pseudouridine synthase A  28.46 
 
 
268 aa  112  6e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.543729  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  30.43 
 
 
250 aa  112  8.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  26.69 
 
 
267 aa  111  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  26.77 
 
 
274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  29.37 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  32.68 
 
 
252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  30.4 
 
 
244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2707  tRNA pseudouridine synthase A  30.36 
 
 
278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.580118  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  28.29 
 
 
278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  31.13 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  26.42 
 
 
285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>