More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apre_1416 on replicon NC_013171
Organism: Anaerococcus prevotii DSM 20548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013171  Apre_1416  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
246 aa  504  9.999999999999999e-143  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 
244 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 
244 aa  169  5e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 
244 aa  169  5e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 
256 aa  167  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 
244 aa  167  1e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 
250 aa  165  8e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 
244 aa  165  8e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  37.2 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 
259 aa  163  3e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  35.12 
 
 
246 aa  161  9e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 
245 aa  160  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 
245 aa  159  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  34.82 
 
 
258 aa  159  4e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  35.42 
 
 
249 aa  157  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 
247 aa  155  8e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 
248 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 
244 aa  154  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 
244 aa  152  4e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 
262 aa  151  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  35.54 
 
 
256 aa  150  2e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
247 aa  149  4e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0504  tRNA pseudouridine synthase A  34.71 
 
 
248 aa  148  6e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00170943  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.47 
 
 
278 aa  148  6e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0481  tRNA pseudouridine synthase A  35.17 
 
 
246 aa  148  7e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000089193  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  34 
 
 
259 aa  148  7e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  34.01 
 
 
252 aa  148  9e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 
248 aa  148  9e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 
248 aa  148  9e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
250 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  33.75 
 
 
248 aa  145  9e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
252 aa  144  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
247 aa  144  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
247 aa  144  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
247 aa  144  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
247 aa  144  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
252 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
252 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
247 aa  143  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
258 aa  144  2e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_446  pseudouridylate synthase  34.75 
 
 
246 aa  144  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000332106  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.34 
 
 
270 aa  143  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  33.86 
 
 
289 aa  142  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 
250 aa  142  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  32.78 
 
 
252 aa  141  8e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  32.5 
 
 
264 aa  141  9e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
252 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  33.05 
 
 
252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  30.45 
 
 
305 aa  139  3e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 
247 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
245 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
245 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
245 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
245 aa  137  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
245 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.54 
 
 
270 aa  137  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  33.76 
 
 
249 aa  137  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
245 aa  135  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  31.67 
 
 
267 aa  135  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  31.67 
 
 
267 aa  135  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
269 aa  135  4e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
264 aa  134  9e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
245 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  31.67 
 
 
259 aa  132  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 
261 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  31.4 
 
 
263 aa  131  9e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 
293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  32.27 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 
293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  31.82 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1444  tRNA pseudouridine synthase A  31.91 
 
 
257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1444  tRNA pseudouridine synthase A  30.33 
 
 
244 aa  130  1.0000000000000001e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  30.54 
 
 
251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  30.89 
 
 
265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  30.92 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  34.01 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  32.66 
 
 
282 aa  129  4.0000000000000003e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  30.99 
 
 
273 aa  129  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 
255 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  32.23 
 
 
262 aa  129  5.0000000000000004e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 
266 aa  129  6e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  31.69 
 
 
275 aa  128  7.000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  32.64 
 
 
261 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  32.37 
 
 
245 aa  128  8.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  31.97 
 
 
264 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  32.23 
 
 
283 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
253 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 
270 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 
270 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 
270 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 
270 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  30.86 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  31.95 
 
 
249 aa  126  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 
351 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>