More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0994 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0994  pseudouridylate synthase  100 
 
 
236 aa  486  1e-136  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1128  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 
247 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1426  tRNA pseudouridine synthase A  41.08 
 
 
241 aa  174  9.999999999999999e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000043766  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0914  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 
240 aa  166  2e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.992712  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1186  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 
241 aa  162  4.0000000000000004e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0288675  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0699  tRNA pseudouridine synthase A  37.34 
 
 
243 aa  162  5.0000000000000005e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.148099  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0975  tRNA pseudouridine synthase A  36.93 
 
 
244 aa  161  1e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.892125  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0844  tRNA pseudouridine synthase A  38.68 
 
 
241 aa  160  2e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0973  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 
278 aa  153  2e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.607139  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0747  tRNA pseudouridine synthase A  37.21 
 
 
258 aa  152  2.9999999999999998e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 
256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  36.75 
 
 
237 aa  135  8e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 
244 aa  125  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  34.41 
 
 
247 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
248 aa  122  6e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 
261 aa  121  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 
253 aa  122  7e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
247 aa  121  9e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
258 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  32.39 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
252 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  33.6 
 
 
252 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3828  tRNA pseudouridine synthase A  37.19 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 
255 aa  119  3e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
252 aa  119  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 
250 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  34.71 
 
 
258 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 
248 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  32.08 
 
 
253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.11 
 
 
278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1123  tRNA pseudouridine synthase A  33.76 
 
 
233 aa  116  3e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0266785  normal  0.378732 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
261 aa  116  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
260 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  31.56 
 
 
265 aa  115  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
244 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  31.75 
 
 
261 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 
245 aa  113  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
259 aa  113  3e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  28.8 
 
 
266 aa  112  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  28.69 
 
 
271 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  28.69 
 
 
271 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  34.41 
 
 
245 aa  112  7.000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 
261 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.06 
 
 
270 aa  111  8.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  30.58 
 
 
252 aa  111  9e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  32.53 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.16 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  31.6 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
261 aa  109  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  30.36 
 
 
259 aa  110  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  32.23 
 
 
243 aa  109  3e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 
245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  30.08 
 
 
262 aa  109  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.06 
 
 
244 aa  108  5e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  30.49 
 
 
246 aa  108  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
261 aa  108  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  30.08 
 
 
273 aa  108  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 
245 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  30.71 
 
 
245 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1104  tRNA pseudouridine synthase A  32.94 
 
 
276 aa  108  8.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.723318  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  35.24 
 
 
244 aa  108  9.000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
261 aa  107  1e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  30.71 
 
 
245 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 
245 aa  107  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  31.56 
 
 
249 aa  107  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  35.12 
 
 
247 aa  107  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16531  tRNA pseudouridine synthase A  32.13 
 
 
289 aa  107  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0673067  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
261 aa  107  1e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
263 aa  107  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 
245 aa  107  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 
269 aa  107  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  32 
 
 
276 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  30.71 
 
 
245 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  30.36 
 
 
264 aa  106  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  36.28 
 
 
268 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.24 
 
 
245 aa  107  2e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  31.35 
 
 
275 aa  107  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  30.86 
 
 
243 aa  106  3e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.05 
 
 
272 aa  106  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
282 aa  106  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  35.16 
 
 
264 aa  106  3e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  32.23 
 
 
302 aa  106  3e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  30.92 
 
 
259 aa  106  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 
274 aa  106  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 
261 aa  106  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  35.78 
 
 
268 aa  106  4e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>