More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0975 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0975  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 244 aa  500  1e-141  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.892125  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0914  tRNA pseudouridine synthase A  59.17 
 
 		 240 aa  299  3e-80  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.992712  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0844  tRNA pseudouridine synthase A  59.58 
 
 		 241 aa  298  6e-80  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1186  tRNA pseudouridine synthase A  59.17 
 
 		 241 aa  297  1e-79  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0288675  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1426  tRNA pseudouridine synthase A  55 
 
 		 241 aa  261  8.999999999999999e-69  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000043766  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0699  tRNA pseudouridine synthase A  49.79 
 
 		 243 aa  247  2e-64  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.148099  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0747  tRNA pseudouridine synthase A  44.62 
 
 		 258 aa  202  4e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0973  tRNA pseudouridine synthase A  41.24 
 
 		 278 aa  196  2.0000000000000003e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.607139  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0994  pseudouridylate synthase  36.93 
 
 		 236 aa  161  1e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1128  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.54 
 
 		 244 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  35 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.33 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  31.73 
 
 		 256 aa  123  2e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  34.26 
 
 		 248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl155  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 251 aa  118  7e-26  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  32.64 
 
 		 260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 		 247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  30.2 
 
 		 265 aa  116  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  35 
 
 		 245 aa  116  3e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  31.6 
 
 		 252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.74 
 
 		 246 aa  115  7.999999999999999e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.64 
 
 		 270 aa  115  7.999999999999999e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  31.2 
 
 		 252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 		 248 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 		 248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  31.2 
 
 		 252 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  30.58 
 
 		 245 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  30.58 
 
 		 245 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  31.87 
 
 		 247 aa  112  6e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  30.8 
 
 		 252 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  30.58 
 
 		 245 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  28.03 
 
 		 251 aa  111  9e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  31.47 
 
 		 247 aa  111  9e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  31.47 
 
 		 247 aa  111  9e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  31.47 
 
 		 247 aa  111  9e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  31.47 
 
 		 247 aa  111  9e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  30.4 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  30.58 
 
 		 245 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 		 244 aa  110  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  30.49 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  31.69 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  30.58 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  30.58 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  31.62 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  34.25 
 
 		 245 aa  110  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  30.17 
 
 		 273 aa  109  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  32.93 
 
 		 246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  32.93 
 
 		 246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  30.58 
 
 		 245 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 244 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0627  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 241 aa  108  8.000000000000001e-23  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  32.39 
 
 		 252 aa  107  1e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  28.11 
 
 		 274 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3828  tRNA pseudouridine synthase A  31.82 
 
 		 244 aa  106  3e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  26.91 
 
 		 270 aa  106  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  31.89 
 
 		 268 aa  106  4e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  30.17 
 
 		 245 aa  106  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  30.17 
 
 		 245 aa  106  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  30.59 
 
 		 275 aa  105  6e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  26.34 
 
 		 252 aa  105  7e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  29.8 
 
 		 283 aa  105  8e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  28.81 
 
 		 244 aa  104  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  29.55 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  28.16 
 
 		 253 aa  104  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  27.76 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  30.28 
 
 		 244 aa  104  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  29.48 
 
 		 258 aa  103  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2269  tRNA-pseudouridine synthase I  26.59 
 
 		 265 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.584541  normal  0.109156 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  30 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  27.31 
 
 		 261 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1444  tRNA pseudouridine synthase A  32.78 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 248 aa  102  4e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  31.38 
 
 		 284 aa  102  5e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  29.34 
 
 		 283 aa  102  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  29.1 
 
 		 247 aa  102  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  29.91 
 
 		 256 aa  102  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  30.8 
 
 		 255 aa  102  6e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0665  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 		 249 aa  102  7e-21  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  28.63 
 
 		 276 aa  102  7e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  31.5 
 
 		 268 aa  102  7e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  29.55 
 
 		 270 aa  101  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  29.55 
 
 		 270 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  29.55 
 
 		 270 aa  101  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  27.57 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  29.03 
 
 		 263 aa  100  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.65 
 
 		 272 aa  101  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  27.42 
 
 		 270 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  27.42 
 
 		 270 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  29.15 
 
 		 270 aa  100  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  27.42 
 
 		 271 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  27.42 
 
 		 270 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  27.42 
 
 		 271 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  25.91 
 
 		 259 aa  100  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  27.42 
 
 		 270 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  32.64 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  27.42 
 
 		 270 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  27.09 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>