More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene UUR10_0627 on replicon NC_011374
Organism: Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011374  UUR10_0627  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
241 aa  500  1e-141  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 
248 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 
248 aa  141  9e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 
248 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  35.22 
 
 
245 aa  141  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
244 aa  136  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  35.54 
 
 
258 aa  135  5e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 
244 aa  135  5e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
244 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 
256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  36.18 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  36.18 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
245 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3828  tRNA pseudouridine synthase A  34.84 
 
 
244 aa  125  8.000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
245 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 
247 aa  124  1e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  29.39 
 
 
261 aa  124  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 
245 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 
245 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
244 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
245 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 
245 aa  122  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 
245 aa  123  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 
245 aa  123  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.92 
 
 
244 aa  123  3e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
247 aa  122  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 
245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
245 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
244 aa  119  6e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  31.56 
 
 
262 aa  117  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 
260 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
252 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  26.75 
 
 
257 aa  117  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  31.73 
 
 
254 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.33 
 
 
245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 
243 aa  116  1.9999999999999998e-25  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  29.15 
 
 
245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  29.67 
 
 
284 aa  116  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  29.96 
 
 
246 aa  116  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.06 
 
 
246 aa  116  3e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  30.08 
 
 
261 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 
247 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1444  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
244 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  29.67 
 
 
261 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 
264 aa  115  5e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  30.24 
 
 
250 aa  115  6e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  31.85 
 
 
253 aa  115  6.9999999999999995e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  31.23 
 
 
264 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3528  tRNA pseudouridine synthase A  28.69 
 
 
268 aa  115  7.999999999999999e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.543729  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  26.64 
 
 
264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 
245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  30.08 
 
 
261 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 
247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 
247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 
247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  29.22 
 
 
256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 
247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.8 
 
 
245 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  29.67 
 
 
261 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  28.8 
 
 
248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  29.37 
 
 
261 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 
252 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 
247 aa  113  3e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
252 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  29.67 
 
 
261 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  32.66 
 
 
252 aa  113  3e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  29.27 
 
 
261 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 
247 aa  112  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1368  tRNA pseudouridine synthase A  26 
 
 
261 aa  112  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  29.27 
 
 
261 aa  112  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0504  tRNA pseudouridine synthase A  29.88 
 
 
248 aa  112  6e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00170943  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 
252 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  29.8 
 
 
248 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  29.8 
 
 
259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0389  tRNA pseudouridine synthase A  31.2 
 
 
265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  27.13 
 
 
251 aa  110  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 
252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  30.77 
 
 
261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  30.89 
 
 
252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  28.92 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  27.13 
 
 
251 aa  110  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.38 
 
 
245 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  29.44 
 
 
261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  29.96 
 
 
271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 
252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  27.24 
 
 
251 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  30.43 
 
 
259 aa  110  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 
264 aa  109  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  29.44 
 
 
260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  31.73 
 
 
248 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  25.58 
 
 
286 aa  108  6e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  29.55 
 
 
261 aa  108  6e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 
245 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0481  tRNA pseudouridine synthase A  29.88 
 
 
246 aa  108  7.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000089193  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 
268 aa  108  8.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0975  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 
244 aa  108  8.000000000000001e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.892125  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  30.17 
 
 
244 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>