More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smon_1444 on replicon NC_013515
Organism: Streptobacillus moniliformis DSM 12112



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013515  Smon_1444  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
244 aa  485  1e-136  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3828  tRNA pseudouridine synthase A  46.5 
 
 
244 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
260 aa  142  7e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 
244 aa  141  8e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  32.53 
 
 
245 aa  139  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  32.53 
 
 
245 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  32.53 
 
 
245 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  32.53 
 
 
245 aa  138  6e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
250 aa  138  8.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  32.53 
 
 
245 aa  137  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  32.53 
 
 
245 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 
245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  29.02 
 
 
253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  32.13 
 
 
245 aa  135  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  32.53 
 
 
245 aa  135  5e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  31.92 
 
 
247 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  31.69 
 
 
244 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  32.13 
 
 
245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  31.69 
 
 
244 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  29.51 
 
 
248 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  31.46 
 
 
250 aa  132  5e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  31.69 
 
 
244 aa  132  5e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
264 aa  130  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1416  tRNA pseudouridine synthase A  30.33 
 
 
246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  25.73 
 
 
250 aa  128  7.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.23 
 
 
270 aa  128  8.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  31.25 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  27.13 
 
 
247 aa  126  3e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  25.53 
 
 
251 aa  126  3e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
248 aa  126  3e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  27.46 
 
 
259 aa  126  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  28.89 
 
 
250 aa  125  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
248 aa  125  8.000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  27.16 
 
 
256 aa  124  9e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  28.89 
 
 
250 aa  124  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 
252 aa  124  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 
271 aa  124  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  35.22 
 
 
253 aa  123  3e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.77 
 
 
245 aa  123  3e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.2 
 
 
244 aa  122  4e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  26.64 
 
 
243 aa  122  6e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0012  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 
246 aa  122  6e-27  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.732766  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  26.23 
 
 
245 aa  122  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  26.45 
 
 
266 aa  122  7e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  29.51 
 
 
253 aa  122  7e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  28.45 
 
 
269 aa  121  9e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0964  tRNA pseudouridine synthase A  27.87 
 
 
243 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  24.42 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  31.28 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  27.46 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  27.16 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  25.82 
 
 
254 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  28.4 
 
 
249 aa  119  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  27.23 
 
 
252 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  25 
 
 
260 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  30.4 
 
 
247 aa  118  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.39 
 
 
245 aa  118  9e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  36.23 
 
 
245 aa  117  9.999999999999999e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  30.65 
 
 
259 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  25.4 
 
 
270 aa  117  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  22.27 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  28.23 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  28.23 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  28.16 
 
 
270 aa  116  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 
253 aa  116  3e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0627  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
241 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.84 
 
 
246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0699  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
243 aa  115  5e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.148099  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  26.56 
 
 
264 aa  115  5e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
258 aa  115  6e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  28.16 
 
 
270 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  28.16 
 
 
270 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  28.16 
 
 
270 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  28.16 
 
 
270 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  26.42 
 
 
247 aa  115  7.999999999999999e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  28.16 
 
 
270 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  28.87 
 
 
237 aa  115  8.999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  30.84 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  28.04 
 
 
262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.07 
 
 
247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 
247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 
247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 
247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 
252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 
247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 
252 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  27.94 
 
 
270 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 
248 aa  113  3e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  26.4 
 
 
255 aa  113  3e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 
245 aa  113  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1123  tRNA pseudouridine synthase A  27.73 
 
 
233 aa  113  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0266785  normal  0.378732 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  27.2 
 
 
293 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  29.83 
 
 
261 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  25.4 
 
 
249 aa  112  4.0000000000000004e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  26.72 
 
 
270 aa  112  4.0000000000000004e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  27.2 
 
 
293 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  27.94 
 
 
267 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 
247 aa  112  5e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>