More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_1128 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_1128  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 247 aa  509  1e-143  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0994  pseudouridylate synthase  40.49 
 
 		 236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1426  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 241 aa  155  4e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000043766  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0747  tRNA pseudouridine synthase A  33.72 
 
 		 258 aa  155  5.0000000000000005e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0975  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.892125  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1186  tRNA pseudouridine synthase A  35.37 
 
 		 241 aa  145  8.000000000000001e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0288675  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0914  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 240 aa  142  5e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.992712  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0844  tRNA pseudouridine synthase A  35.37 
 
 		 241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0699  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 243 aa  139  3.9999999999999997e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.148099  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0973  tRNA pseudouridine synthase A  31.67 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.607139  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  31.87 
 
 		 256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  30.95 
 
 		 244 aa  123  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  32.26 
 
 		 247 aa  123  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  34.77 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3828  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  30.95 
 
 		 248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 251 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  29.84 
 
 		 244 aa  118  9e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  33.99 
 
 		 262 aa  118  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  32.27 
 
 		 250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  34.36 
 
 		 255 aa  115  5e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  32.55 
 
 		 255 aa  115  6e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.6 
 
 		 246 aa  113  3e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  29.72 
 
 		 258 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  33.07 
 
 		 245 aa  112  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  31.33 
 
 		 261 aa  112  7.000000000000001e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  31.33 
 
 		 261 aa  112  7.000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  33.07 
 
 		 249 aa  112  8.000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.05 
 
 		 244 aa  111  9e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  31.62 
 
 		 261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  30.95 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  30.56 
 
 		 258 aa  110  3e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  32.54 
 
 		 264 aa  109  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  32.02 
 
 		 248 aa  109  3e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  32.16 
 
 		 261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  30.98 
 
 		 245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  28.74 
 
 		 250 aa  109  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 		 274 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  31.35 
 
 		 266 aa  108  8.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.16 
 
 		 245 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0389  tRNA pseudouridine synthase A  32.95 
 
 		 265 aa  108  1e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  31.58 
 
 		 259 aa  107  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  29.32 
 
 		 246 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  31.58 
 
 		 290 aa  107  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  29.32 
 
 		 246 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  29.08 
 
 		 253 aa  108  1e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  32.14 
 
 		 259 aa  107  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  30.77 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  31.75 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.76 
 
 		 245 aa  106  3e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  31.75 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 		 252 aa  106  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  30.77 
 
 		 245 aa  105  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  29.96 
 
 		 245 aa  105  7e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  29.96 
 
 		 245 aa  105  7e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  32.81 
 
 		 270 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  31.08 
 
 		 245 aa  105  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  32.81 
 
 		 270 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  32.81 
 
 		 270 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  32.81 
 
 		 270 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  32.81 
 
 		 270 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  32.81 
 
 		 271 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  32.81 
 
 		 271 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  30.34 
 
 		 310 aa  105  9e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  31.87 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  29.48 
 
 		 264 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  29.96 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 260 aa  104  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  32.81 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  28.29 
 
 		 273 aa  104  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  30.31 
 
 		 259 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  31.62 
 
 		 288 aa  104  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  30.2 
 
 		 254 aa  103  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  29.48 
 
 		 283 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  33.72 
 
 		 259 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  30.36 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  30.36 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  30.36 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 284 aa  103  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  30.47 
 
 		 261 aa  103  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  30.74 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  29.55 
 
 		 245 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  33.08 
 
 		 245 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  29.55 
 
 		 245 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.28 
 
 		 245 aa  103  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  29.96 
 
 		 245 aa  103  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  29.44 
 
 		 244 aa  102  4e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  28.97 
 
 		 244 aa  103  4e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  32.4 
 
 		 245 aa  102  4e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  29.37 
 
 		 245 aa  102  5e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  31.39 
 
 		 293 aa  102  5e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  32.02 
 
 		 263 aa  102  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  30.74 
 
 		 271 aa  102  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  30.47 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  30.74 
 
 		 271 aa  102  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  28.97 
 
 		 244 aa  102  6e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  32.34 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 286 aa  102  8e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>