More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_0981 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 171 aa  330  8e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  74.25 
 
 		 171 aa  240  6e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  71.69 
 
 		 172 aa  233  7e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  73.21 
 
 		 170 aa  231  3e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  69.64 
 
 		 170 aa  230  6e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  61.67 
 
 		 180 aa  202  2e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  61.11 
 
 		 180 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  57.31 
 
 		 187 aa  188  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  57.31 
 
 		 173 aa  174  4e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  55.03 
 
 		 169 aa  172  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  55.69 
 
 		 167 aa  171  5e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  61.22 
 
 		 177 aa  171  5.999999999999999e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  53.49 
 
 		 172 aa  165  2.9999999999999998e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  53.76 
 
 		 173 aa  162  3e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  52.66 
 
 		 176 aa  160  7e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  53.49 
 
 		 172 aa  160  7e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  50 
 
 		 181 aa  160  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  58.08 
 
 		 174 aa  159  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  52.02 
 
 		 173 aa  156  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  52.02 
 
 		 173 aa  156  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  52.02 
 
 		 173 aa  156  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  55.75 
 
 		 174 aa  155  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  51.98 
 
 		 179 aa  151  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  51.16 
 
 		 184 aa  150  8e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  49.41 
 
 		 197 aa  149  1e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  50 
 
 		 181 aa  145  2.0000000000000003e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  44.86 
 
 		 225 aa  144  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  54.97 
 
 		 172 aa  140  8e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  51.41 
 
 		 176 aa  138  3e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  49.1 
 
 		 184 aa  137  4.999999999999999e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  51.72 
 
 		 200 aa  134  8e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  50.29 
 
 		 214 aa  129  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  48.8 
 
 		 182 aa  126  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  48.84 
 
 		 188 aa  126  2.0000000000000002e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  44.51 
 
 		 182 aa  123  1e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  41.76 
 
 		 194 aa  113  1.0000000000000001e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  42.69 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  41.18 
 
 		 176 aa  109  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  35.93 
 
 		 172 aa  106  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  38.07 
 
 		 199 aa  105  2e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  37.13 
 
 		 172 aa  102  4e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  35.58 
 
 		 168 aa  100  1e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 		 171 aa  97.8  6e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  38.67 
 
 		 233 aa  97.4  9e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  40 
 
 		 181 aa  96.3  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 171 aa  95.1  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  32.18 
 
 		 179 aa  95.1  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 171 aa  94.7  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 171 aa  94.7  5e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 171 aa  94.7  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 171 aa  94.7  5e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  37.89 
 
 		 176 aa  94.4  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  94.4  8e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  94  8e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  37.27 
 
 		 198 aa  93.6  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  38.27 
 
 		 176 aa  92.8  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  35.09 
 
 		 176 aa  92.4  3e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  39.29 
 
 		 210 aa  91.7  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  91.7  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  35.09 
 
 		 176 aa  91.7  5e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  32.54 
 
 		 176 aa  91.3  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  40.24 
 
 		 201 aa  90.9  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  29.09 
 
 		 169 aa  90.1  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  35.56 
 
 		 186 aa  89.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  34.73 
 
 		 177 aa  89.7  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  35.83 
 
 		 204 aa  89.7  2e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  30.95 
 
 		 166 aa  89.7  2e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  34.94 
 
 		 182 aa  88.6  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 179 aa  89  3e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  37.42 
 
 		 191 aa  88.6  3e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 		 179 aa  88.6  4e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  88.2  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  40.93 
 
 		 235 aa  87.8  6e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  30.23 
 
 		 174 aa  87.8  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  31.14 
 
 		 167 aa  87.4  8e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  36.87 
 
 		 217 aa  87.4  8e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  37.13 
 
 		 176 aa  87.4  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  37.13 
 
 		 169 aa  87  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  28.82 
 
 		 182 aa  86.3  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  35 
 
 		 186 aa  86.3  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 		 180 aa  86.3  2e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  37.28 
 
 		 180 aa  86.3  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  36.65 
 
 		 212 aa  86.7  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  37.42 
 
 		 189 aa  85.5  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  37.42 
 
 		 189 aa  85.5  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  37.04 
 
 		 173 aa  85.5  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  38.86 
 
 		 169 aa  85.5  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 		 169 aa  85.5  4e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  40.38 
 
 		 221 aa  84.7  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  36.81 
 
 		 189 aa  84.7  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  32.32 
 
 		 176 aa  84.7  6e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  39.53 
 
 		 179 aa  84  8e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  28.82 
 
 		 169 aa  84  9e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  30.57 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  27.81 
 
 		 167 aa  83.6  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  27.81 
 
 		 167 aa  83.6  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  34.57 
 
 		 182 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  38.29 
 
 		 169 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  30.57 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  33.74 
 
 		 199 aa  83.2  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>