More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3575 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  66.88 
 
 		 1123 aa  1507    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  66.06 
 
 		 1100 aa  1514    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  74.53 
 
 		 1107 aa  1722    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  66.06 
 
 		 1100 aa  1502    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  62.6 
 
 		 1107 aa  1410    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  98.19 
 
 		 1102 aa  2203    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  46.75 
 
 		 1557 aa  650    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  100 
 
 		 1102 aa  2240    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  59.41 
 
 		 1356 aa  916    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  44.64 
 
 		 1536 aa  616  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  44.78 
 
 		 1538 aa  597  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  44.9 
 
 		 1534 aa  593  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  42.96 
 
 		 1245 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.06 
 
 		 1098 aa  575  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.67 
 
 		 1098 aa  566  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.04 
 
 		 1102 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.4 
 
 		 1095 aa  565  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  41.57 
 
 		 952 aa  555  1e-156  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  40.9 
 
 		 952 aa  553  1e-155  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  35.66 
 
 		 1105 aa  532  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  40.05 
 
 		 998 aa  523  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  40.3 
 
 		 1039 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  40.78 
 
 		 1034 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  40.18 
 
 		 982 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  39.37 
 
 		 974 aa  516  1e-144  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  40.35 
 
 		 998 aa  516  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  40.43 
 
 		 976 aa  509  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  40.43 
 
 		 976 aa  509  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  40.48 
 
 		 968 aa  505  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  40.1 
 
 		 985 aa  506  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  39.29 
 
 		 1000 aa  496  1e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  39.29 
 
 		 1000 aa  496  1e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  39.72 
 
 		 1034 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  39.77 
 
 		 1025 aa  487  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  38.85 
 
 		 1006 aa  485  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  39.35 
 
 		 814 aa  483  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  32.65 
 
 		 881 aa  378  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  32.78 
 
 		 879 aa  369  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  29.3 
 
 		 1168 aa  284  6.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  37.85 
 
 		 907 aa  280  1e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  37.39 
 
 		 1093 aa  234  6e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  42.41 
 
 		 267 aa  174  7.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  30.92 
 
 		 918 aa  172  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  32.24 
 
 		 447 aa  166  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  36.22 
 
 		 544 aa  160  1e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  36.93 
 
 		 726 aa  148  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  33.45 
 
 		 730 aa  145  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  32.15 
 
 		 1184 aa  140  1e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  30.92 
 
 		 1175 aa  138  5e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  35.95 
 
 		 719 aa  137  9e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  31.51 
 
 		 981 aa  137  9e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  33.33 
 
 		 1174 aa  135  5e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  36.13 
 
 		 498 aa  133  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  30.55 
 
 		 465 aa  133  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  33.24 
 
 		 1176 aa  128  6e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  30.31 
 
 		 673 aa  124  9.999999999999999e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  35.37 
 
 		 361 aa  122  4.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  28.42 
 
 		 1481 aa  120  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  25.62 
 
 		 710 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  27.29 
 
 		 1486 aa  118  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  31.37 
 
 		 946 aa  114  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  27.42 
 
 		 1797 aa  113  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  28.03 
 
 		 1836 aa  112  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  27.23 
 
 		 1623 aa  107  9e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  27.25 
 
 		 1549 aa  107  9e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  28.54 
 
 		 1231 aa  107  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  29.02 
 
 		 501 aa  106  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  34.4 
 
 		 498 aa  105  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  27.92 
 
 		 1683 aa  104  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  28.57 
 
 		 506 aa  102  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  50.46 
 
 		 379 aa  102  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  27.09 
 
 		 2090 aa  100  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  25.72 
 
 		 1189 aa  100  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  28.53 
 
 		 1523 aa  99.4  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  28.53 
 
 		 1523 aa  99.4  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  28.01 
 
 		 637 aa  99.4  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  30.43 
 
 		 766 aa  98.2  8e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  30.47 
 
 		 407 aa  97.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  27 
 
 		 1980 aa  97.1  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  31.2 
 
 		 964 aa  95.9  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  28.34 
 
 		 1386 aa  95.1  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  28.08 
 
 		 1976 aa  95.1  7e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  27.16 
 
 		 944 aa  94.7  8e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  30.6 
 
 		 943 aa  94.4  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  28.85 
 
 		 1170 aa  93.6  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  29.19 
 
 		 1112 aa  93.6  2e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  28.31 
 
 		 1967 aa  93.2  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  30.1 
 
 		 926 aa  93.2  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  28.14 
 
 		 659 aa  92.4  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1106  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  28.61 
 
 		 766 aa  91.3  8e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.710549  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  27.09 
 
 		 742 aa  90.1  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  26.6 
 
 		 945 aa  90.1  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.93 
 
 		 555 aa  89.7  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  26.49 
 
 		 929 aa  89.4  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.66 
 
 		 744 aa  88.2  8e-16  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  34.16 
 
 		 982 aa  87.4  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  28.46 
 
 		 726 aa  87.4  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  31.75 
 
 		 467 aa  87  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  27.92 
 
 		 1681 aa  86.3  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  27.88 
 
 		 1699 aa  86.3  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>