More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2365 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  96.14 
 
 		 467 aa  889    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  100 
 
 		 467 aa  946    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  95.28 
 
 		 467 aa  880    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  31.05 
 
 		 630 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2762  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  29.8 
 
 		 631 aa  159  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 392 aa  134  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 554 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 566 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  27.35 
 
 		 476 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 532 aa  130  7.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 392 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 357 aa  129  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 578 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 532 aa  127  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.74 
 
 		 800 aa  126  9e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  40.48 
 
 		 333 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 485 aa  124  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 545 aa  123  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 409 aa  123  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 320 aa  123  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 452 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 452 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  40.13 
 
 		 452 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 476 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.87 
 
 		 413 aa  122  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 452 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 476 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  34.93 
 
 		 464 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0332  DNA polymerase III delta prime subunit HolB  36.9 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.18 
 
 		 441 aa  121  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 414 aa  122  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  40.46 
 
 		 422 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  26.54 
 
 		 568 aa  122  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 298 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 615 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  40.13 
 
 		 476 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 387 aa  121  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 464 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 316 aa  120  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 280 aa  120  7e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  42.01 
 
 		 431 aa  120  7.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  41.61 
 
 		 325 aa  119  9e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002974  GGDEF family protein  40 
 
 		 491 aa  119  9e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337461  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  42.31 
 
 		 533 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 380 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  38.5 
 
 		 462 aa  119  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 382 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  36.76 
 
 		 568 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 243 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 536 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  39.13 
 
 		 548 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 1037 aa  118  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  38.75 
 
 		 565 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 555 aa  118  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02658  GGDEF domain protein  36.97 
 
 		 366 aa  117  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  39.87 
 
 		 422 aa  117  3e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 342 aa  118  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.95 
 
 		 550 aa  117  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 385 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  40 
 
 		 402 aa  117  3.9999999999999997e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.52 
 
 		 1000 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 497 aa  117  3.9999999999999997e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 540 aa  117  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3471  GGDEF family protein  36.06 
 
 		 242 aa  117  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 556 aa  117  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 623 aa  117  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 385 aa  117  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 490 aa  117  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 526 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 377 aa  116  7.999999999999999e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.1 
 
 		 859 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0136706  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 499 aa  116  7.999999999999999e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02934  hypothetical protein  40.83 
 
 		 486 aa  116  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  32.03 
 
 		 557 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3688  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 543 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 610 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  37.02 
 
 		 411 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 432 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 451 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  41.4 
 
 		 322 aa  115  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 322 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.41 
 
 		 469 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.25 
 
 		 640 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 555 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  38.98 
 
 		 311 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 452 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.36 
 
 		 557 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 319 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 443 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0556  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 314 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303867 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 513 aa  115  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 473 aa  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 351 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>