More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1595 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 234 aa  484  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  43.15 
 
 		 323 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  44.91 
 
 		 624 aa  150  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  41.42 
 
 		 428 aa  148  6e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 621 aa  148  9e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 492 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 492 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 492 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 492 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 492 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 253 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 631 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 681 aa  144  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 282 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  42.78 
 
 		 457 aa  143  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1243  diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 419 aa  143  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 492 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 501 aa  142  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  42.53 
 
 		 457 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 342 aa  142  4e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 260 aa  142  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 498 aa  142  6e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.71 
 
 		 316 aa  141  7e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 659 aa  141  7e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  46.84 
 
 		 569 aa  141  7e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  40.5 
 
 		 316 aa  141  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  42.46 
 
 		 457 aa  141  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.34 
 
 		 457 aa  141  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 457 aa  141  9e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 638 aa  140  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 753 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  44 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 653 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  40.34 
 
 		 721 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 345 aa  139  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.23 
 
 		 531 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  45.06 
 
 		 320 aa  139  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 377 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  44.51 
 
 		 457 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  44.64 
 
 		 385 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  39.71 
 
 		 412 aa  139  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  44.51 
 
 		 457 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0699  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 226 aa  138  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.642785 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.03 
 
 		 355 aa  138  6e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 487 aa  138  6e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.22 
 
 		 586 aa  138  7.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  42.94 
 
 		 342 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  41.92 
 
 		 645 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.86 
 
 		 353 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 322 aa  137  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 172 aa  137  1e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 641 aa  137  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.78 
 
 		 572 aa  137  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  44.24 
 
 		 400 aa  137  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 650 aa  137  1e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 280 aa  137  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  44.38 
 
 		 480 aa  137  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.89 
 
 		 710 aa  137  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  40.31 
 
 		 603 aa  137  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.2 
 
 		 769 aa  137  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  45.22 
 
 		 732 aa  137  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 259 aa  137  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 395 aa  136  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  43.64 
 
 		 563 aa  137  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 395 aa  136  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  43.9 
 
 		 457 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 555 aa  137  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 680 aa  137  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 351 aa  136  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  42.47 
 
 		 836 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  46.88 
 
 		 555 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 251 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 398 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 301 aa  136  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  43.45 
 
 		 493 aa  135  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  41.95 
 
 		 457 aa  135  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  42.33 
 
 		 466 aa  135  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 343 aa  135  5e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 331 aa  135  5e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  43.9 
 
 		 457 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.7 
 
 		 612 aa  135  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 318 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.12 
 
 		 841 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 612 aa  135  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  44.13 
 
 		 334 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  43.31 
 
 		 306 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 322 aa  135  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 334 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 334 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  44.13 
 
 		 334 aa  134  9e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 620 aa  134  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 256 aa  134  9e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  43.5 
 
 		 335 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 		 728 aa  134  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 645 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 345 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.2 
 
 		 324 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 493 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  39.7 
 
 		 227 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>