More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3694 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  100 
 
 		 419 aa  847    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  86.19 
 
 		 435 aa  738    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  87.38 
 
 		 435 aa  743    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  86.19 
 
 		 435 aa  738    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  90.71 
 
 		 420 aa  771    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  90.48 
 
 		 420 aa  772    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  85.95 
 
 		 435 aa  736    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  90.24 
 
 		 420 aa  767    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  86.43 
 
 		 420 aa  739    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  71.22 
 
 		 420 aa  595  1e-169  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  67.39 
 
 		 420 aa  565  1e-160  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  70.02 
 
 		 420 aa  565  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  66.35 
 
 		 419 aa  551  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  66.9 
 
 		 420 aa  543  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  65.16 
 
 		 419 aa  535  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  58.81 
 
 		 418 aa  473  1e-132  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  41.07 
 
 		 443 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  40.24 
 
 		 423 aa  301  1e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  39.18 
 
 		 421 aa  299  5e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.7 
 
 		 425 aa  282  8.000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  38.72 
 
 		 392 aa  278  1e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 		 415 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  25.06 
 
 		 416 aa  103  7e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  23.11 
 
 		 417 aa  97.4  4e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.14 
 
 		 415 aa  97.1  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  22.22 
 
 		 412 aa  94.7  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  24.58 
 
 		 417 aa  94  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.25 
 
 		 415 aa  93.2  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.94 
 
 		 432 aa  91.7  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.94 
 
 		 414 aa  90.5  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.62 
 
 		 419 aa  89  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  23.62 
 
 		 416 aa  88.6  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.98 
 
 		 407 aa  82  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.45 
 
 		 448 aa  79.7  0.00000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2477  RND family efflux transporter MFP subunit  23.43 
 
 		 420 aa  77  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  23.23 
 
 		 418 aa  75.9  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3005  RND family efflux transporter MFP subunit  23.14 
 
 		 420 aa  75.9  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000258393  hitchhiker  0.0000478824 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  23.34 
 
 		 423 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2575  RND family efflux transporter MFP subunit  22.86 
 
 		 420 aa  72.8  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.5 
 
 		 462 aa  72.8  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  22.65 
 
 		 418 aa  71.2  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2956  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.08 
 
 		 430 aa  70.1  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.232515 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.57 
 
 		 496 aa  69.7  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.57 
 
 		 496 aa  67.4  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.6 
 
 		 388 aa  67  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  20.68 
 
 		 431 aa  65.1  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2744  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.53 
 
 		 475 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0366  secretion protein HlyD  21.07 
 
 		 437 aa  64.7  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.93288  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.6 
 
 		 440 aa  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 397 aa  63.5  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.36 
 
 		 397 aa  63.5  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  25.64 
 
 		 365 aa  62.8  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  25.79 
 
 		 403 aa  62.8  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.71 
 
 		 353 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4993  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.02 
 
 		 401 aa  62.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  25.23 
 
 		 471 aa  62.4  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1067  secretion protein HlyD  25.67 
 
 		 364 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.133207 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  22.79 
 
 		 449 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  25.85 
 
 		 400 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  22.65 
 
 		 348 aa  62  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.67 
 
 		 383 aa  62  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  23.11 
 
 		 351 aa  62.4  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.2 
 
 		 414 aa  62  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.3 
 
 		 349 aa  61.6  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 369 aa  61.6  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  25.63 
 
 		 344 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  23.11 
 
 		 351 aa  61.6  0.00000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  28.06 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.33 
 
 		 500 aa  61.6  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  28.06 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.7 
 
 		 372 aa  60.8  0.00000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0273609  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2492  RND family efflux transporter subunit MFP  23.28 
 
 		 437 aa  60.8  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.311613  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1943  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.3 
 
 		 450 aa  60.8  0.00000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.77 
 
 		 467 aa  60.5  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  26.46 
 
 		 456 aa  60.5  0.00000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3839  secretion protein HlyD  20.97 
 
 		 439 aa  60.1  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  19.64 
 
 		 434 aa  59.7  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3415  secretion protein HlyD family protein  29.61 
 
 		 406 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.297812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  22.25 
 
 		 607 aa  58.9  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  27.8 
 
 		 455 aa  58.5  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  24.75 
 
 		 383 aa  58.5  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  22.11 
 
 		 394 aa  57.8  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  19.9 
 
 		 412 aa  58.2  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.65 
 
 		 360 aa  58.2  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.89 
 
 		 460 aa  57.8  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2619  RND family efflux transporter MFP subunit  32.39 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  24.4 
 
 		 406 aa  58.2  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  25.99 
 
 		 352 aa  57.8  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1054  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.66 
 
 		 400 aa  57.8  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.153115  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0573  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.43 
 
 		 389 aa  57.4  0.0000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000216198  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  22.47 
 
 		 421 aa  57.4  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>