More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_5514 on replicon NC_012853
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  66.4 
 
 		 1100 aa  1516    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  67.12 
 
 		 1123 aa  1520    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  60.61 
 
 		 1356 aa  927    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  100 
 
 		 1107 aa  2246    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  65.71 
 
 		 1107 aa  1486    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  46.2 
 
 		 1557 aa  639    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  74.35 
 
 		 1102 aa  1719    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  74.53 
 
 		 1102 aa  1722    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  67.93 
 
 		 1100 aa  1546    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  45.43 
 
 		 1245 aa  610  1e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  43.36 
 
 		 1536 aa  600  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  44.82 
 
 		 1538 aa  589  1e-166  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.64 
 
 		 1098 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  35.92 
 
 		 1098 aa  580  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  44.1 
 
 		 1534 aa  579  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.4 
 
 		 1102 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.32 
 
 		 1095 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.73 
 
 		 1105 aa  541  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  41.03 
 
 		 952 aa  536  1e-151  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  40.62 
 
 		 952 aa  536  1e-151  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  40.18 
 
 		 982 aa  516  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  39.42 
 
 		 998 aa  509  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  40.1 
 
 		 974 aa  509  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  40.48 
 
 		 985 aa  503  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  40.35 
 
 		 1034 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  39.75 
 
 		 1039 aa  506  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  40.27 
 
 		 968 aa  504  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  39.72 
 
 		 998 aa  505  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  39.97 
 
 		 976 aa  502  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  39.97 
 
 		 976 aa  502  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  41.25 
 
 		 814 aa  499  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  40.18 
 
 		 1025 aa  493  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  39.72 
 
 		 1034 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  39.46 
 
 		 1000 aa  490  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  39.46 
 
 		 1000 aa  490  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  39.1 
 
 		 1006 aa  488  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  33.33 
 
 		 881 aa  376  1e-102  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  33.33 
 
 		 879 aa  370  1e-101  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  37.45 
 
 		 907 aa  283  1e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  29.59 
 
 		 1168 aa  265  4e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  37.08 
 
 		 1093 aa  239  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  30.1 
 
 		 918 aa  185  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  42.41 
 
 		 267 aa  177  9e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  33.26 
 
 		 447 aa  167  6.9999999999999995e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  36.9 
 
 		 544 aa  161  6e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  37.76 
 
 		 726 aa  157  8e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  36.1 
 
 		 730 aa  150  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  35.34 
 
 		 719 aa  143  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  31.82 
 
 		 1175 aa  142  3e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  32.42 
 
 		 465 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  33.61 
 
 		 1174 aa  139  4e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  33.52 
 
 		 1184 aa  139  4e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  35.1 
 
 		 673 aa  129  2.0000000000000002e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  30.44 
 
 		 1523 aa  127  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  30.44 
 
 		 1523 aa  127  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  32.27 
 
 		 1176 aa  125  3e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  36.25 
 
 		 498 aa  123  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  31.16 
 
 		 981 aa  122  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  27.46 
 
 		 929 aa  121  7e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  31.12 
 
 		 1836 aa  120  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  25.15 
 
 		 1549 aa  119  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  30.03 
 
 		 1481 aa  118  6.9999999999999995e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  34.06 
 
 		 361 aa  116  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  27.19 
 
 		 1189 aa  113  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  29.91 
 
 		 501 aa  110  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  29.98 
 
 		 1231 aa  108  5e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  30.8 
 
 		 506 aa  107  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  28.85 
 
 		 1797 aa  105  4e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  51.38 
 
 		 379 aa  105  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  29.34 
 
 		 2090 aa  105  6e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  29.1 
 
 		 1386 aa  104  9e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  24.72 
 
 		 710 aa  104  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  29.62 
 
 		 1967 aa  103  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  29.95 
 
 		 946 aa  103  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  26.45 
 
 		 1623 aa  101  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  30.22 
 
 		 1976 aa  101  8e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  32.16 
 
 		 498 aa  100  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  30.53 
 
 		 964 aa  99.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  30.08 
 
 		 407 aa  99  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  27.65 
 
 		 961 aa  98.2  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  27.41 
 
 		 1980 aa  98.2  9e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  29.32 
 
 		 762 aa  96.7  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  30.71 
 
 		 943 aa  94.4  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  30.08 
 
 		 1170 aa  93.2  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  28.43 
 
 		 742 aa  93.6  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  27.32 
 
 		 637 aa  92.4  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  26.14 
 
 		 1683 aa  90.9  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  27.78 
 
 		 944 aa  90.9  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  31 
 
 		 766 aa  90.9  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  27.55 
 
 		 1112 aa  90.5  2e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  31.64 
 
 		 1486 aa  90.5  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  27.08 
 
 		 945 aa  90.5  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  33.33 
 
 		 982 aa  89.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  28.17 
 
 		 1529 aa  89.7  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011093  SeSA_C0004  43 kDa relaxation protein  28.76 
 
 		 511 aa  89.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  29.18 
 
 		 744 aa  88.6  7e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  28.18 
 
 		 754 aa  88.6  7e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  28.1 
 
 		 738 aa  88.2  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010659  SbBS512_D0003  mobilization protein A  29.75 
 
 		 516 aa  87.8  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.488217  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  27.71 
 
 		 1955 aa  87.4  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>