More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2276 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  59.94 
 
 		 952 aa  1123    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  79.86 
 
 		 976 aa  1547    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  67.68 
 
 		 1000 aa  1304    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  67.68 
 
 		 1000 aa  1304    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  82.79 
 
 		 1034 aa  1654    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  92.55 
 
 		 1034 aa  1782    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  83.02 
 
 		 998 aa  1647    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  100 
 
 		 1006 aa  2026    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  79.62 
 
 		 982 aa  1563    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  84.6 
 
 		 1039 aa  1691    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  58.32 
 
 		 974 aa  1088    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  60.08 
 
 		 952 aa  1120    Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  47.35 
 
 		 1025 aa  809    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  73.93 
 
 		 985 aa  1432    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  79.86 
 
 		 976 aa  1547    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  72.66 
 
 		 968 aa  1381    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  73.77 
 
 		 998 aa  1423    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  63.53 
 
 		 814 aa  889    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  75.46 
 
 		 447 aa  538  1e-151  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  39.35 
 
 		 1107 aa  519  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  38.49 
 
 		 1102 aa  517  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  38.85 
 
 		 1102 aa  516  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  39.38 
 
 		 1100 aa  510  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  39.03 
 
 		 1100 aa  504  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  38.86 
 
 		 1107 aa  504  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  38.06 
 
 		 1123 aa  496  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.53 
 
 		 1098 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.53 
 
 		 1098 aa  487  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.42 
 
 		 1102 aa  489  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.22 
 
 		 1095 aa  481  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  39.78 
 
 		 1557 aa  479  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.48 
 
 		 1105 aa  471  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.23 
 
 		 1245 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.02 
 
 		 1356 aa  462  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.12 
 
 		 1536 aa  451  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.26 
 
 		 1538 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.24 
 
 		 1534 aa  426  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  32.62 
 
 		 881 aa  393  1e-107  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  31.78 
 
 		 879 aa  380  1e-104  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  75.22 
 
 		 267 aa  337  7.999999999999999e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  32.54 
 
 		 1168 aa  329  2.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  36.85 
 
 		 907 aa  271  4e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  39.62 
 
 		 1093 aa  248  3e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  41.01 
 
 		 719 aa  206  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  31.97 
 
 		 918 aa  194  8e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  38.7 
 
 		 730 aa  185  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  42.01 
 
 		 726 aa  184  9.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  34.94 
 
 		 544 aa  183  2e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  36.7 
 
 		 379 aa  178  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  40.59 
 
 		 498 aa  170  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  42.42 
 
 		 465 aa  164  6e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  44.72 
 
 		 361 aa  161  5e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  40.7 
 
 		 506 aa  152  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  41.21 
 
 		 501 aa  150  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  39.76 
 
 		 498 aa  146  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  32.97 
 
 		 673 aa  146  2e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  34.68 
 
 		 1184 aa  145  3e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  34.78 
 
 		 1174 aa  145  3e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  31.88 
 
 		 981 aa  142  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  34.93 
 
 		 1176 aa  134  6e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  34.32 
 
 		 1175 aa  129  3e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  31.15 
 
 		 1967 aa  125  4e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  33.45 
 
 		 407 aa  124  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  36.57 
 
 		 766 aa  123  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  31.14 
 
 		 1836 aa  122  4.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  31.78 
 
 		 1231 aa  119  3e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  30.19 
 
 		 1797 aa  118  6e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  30.14 
 
 		 1481 aa  117  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  29.9 
 
 		 1683 aa  113  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  30 
 
 		 1976 aa  112  5e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  31.24 
 
 		 1955 aa  111  9.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  29.01 
 
 		 1523 aa  110  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  29.01 
 
 		 1523 aa  110  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  31.08 
 
 		 1681 aa  110  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  31.02 
 
 		 926 aa  107  8e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  30.59 
 
 		 1952 aa  107  8e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  30.62 
 
 		 1699 aa  106  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  22.84 
 
 		 1112 aa  105  4e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  26.76 
 
 		 1189 aa  105  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4107  MobA/MobL protein  34.86 
 
 		 310 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.675115  normal  0.372473 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  28.8 
 
 		 1170 aa  103  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  26.3 
 
 		 961 aa  102  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  27.29 
 
 		 1980 aa  102  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  26.32 
 
 		 1549 aa  98.6  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  31.4 
 
 		 944 aa  97.1  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  25 
 
 		 870 aa  95.1  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  26.08 
 
 		 919 aa  94.7  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  30.37 
 
 		 1665 aa  94.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  24.46 
 
 		 710 aa  93.2  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  35.66 
 
 		 467 aa  93.6  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  28.31 
 
 		 1623 aa  93.6  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_004253  pDOJH10S_p2  Mob  29.97 
 
 		 492 aa  92.8  3e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  27.9 
 
 		 2090 aa  92.8  3e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  30.18 
 
 		 945 aa  92.4  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  29.52 
 
 		 872 aa  91.3  9e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  29.03 
 
 		 964 aa  90.1  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_010659  SbBS512_D0003  mobilization protein A  29.55 
 
 		 516 aa  87.4  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.488217  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  29.08 
 
 		 1111 aa  87.4  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  26.16 
 
 		 735 aa  87.4  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  29.1 
 
 		 727 aa  86.7  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>