More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03889 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03889  diguanylate cyclase  100 
 
 		 461 aa  934    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3878  diguanylate cyclase  55.68 
 
 		 474 aa  513  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.431493  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  34.2 
 
 		 464 aa  325  1e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  28.04 
 
 		 490 aa  144  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  28.44 
 
 		 490 aa  140  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  24.77 
 
 		 490 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  23.49 
 
 		 491 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  26.71 
 
 		 485 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 485 aa  133  6e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  26.51 
 
 		 485 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  25.95 
 
 		 485 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  24.42 
 
 		 508 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  23.73 
 
 		 495 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  25.21 
 
 		 485 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  26.3 
 
 		 486 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  26.1 
 
 		 486 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  26.1 
 
 		 486 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  26.1 
 
 		 486 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  25.21 
 
 		 486 aa  124  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  24.74 
 
 		 485 aa  123  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  24.14 
 
 		 477 aa  121  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  23.45 
 
 		 493 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  23.45 
 
 		 493 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  22.95 
 
 		 476 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  25.87 
 
 		 498 aa  114  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  22.81 
 
 		 477 aa  113  7.000000000000001e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  22.38 
 
 		 493 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  22.97 
 
 		 477 aa  111  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  23.54 
 
 		 487 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  23.27 
 
 		 485 aa  105  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  22.02 
 
 		 512 aa  95.9  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 381 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  24.47 
 
 		 495 aa  89.4  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  28.96 
 
 		 381 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.86 
 
 		 1032 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.81 
 
 		 800 aa  89  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  27.85 
 
 		 364 aa  87  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  31.85 
 
 		 570 aa  85.1  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 459 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  26.67 
 
 		 370 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 628 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  39.84 
 
 		 559 aa  85.5  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.79 
 
 		 550 aa  84.7  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.88 
 
 		 675 aa  84.3  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  24.37 
 
 		 517 aa  84  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 395 aa  83.6  0.000000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  30.26 
 
 		 435 aa  83.2  0.000000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  38.35 
 
 		 533 aa  83.2  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  23.05 
 
 		 753 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.92 
 
 		 301 aa  83.2  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  23.99 
 
 		 738 aa  82.8  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.03 
 
 		 438 aa  82.8  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.06 
 
 		 424 aa  82  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 395 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 356 aa  82.4  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 392 aa  81.3  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32 
 
 		 406 aa  81.3  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 362 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  30.25 
 
 		 443 aa  81.3  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 404 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 532 aa  81.3  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  33.33 
 
 		 634 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  29.68 
 
 		 425 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  29.01 
 
 		 538 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.68 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 472 aa  80.5  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 611 aa  80.1  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4173  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 630 aa  80.1  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  36.51 
 
 		 712 aa  79.7  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  31.76 
 
 		 301 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 532 aa  79.3  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.54 
 
 		 463 aa  79.3  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.08 
 
 		 415 aa  79.3  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  30.71 
 
 		 237 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.68 
 
 		 332 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.54 
 
 		 482 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  27.73 
 
 		 353 aa  79.3  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 300 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  31.54 
 
 		 334 aa  78.6  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1271  putative response regulator  33.78 
 
 		 443 aa  79  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.37 
 
 		 413 aa  78.6  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  27.2 
 
 		 339 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  31.25 
 
 		 457 aa  79  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  31.71 
 
 		 487 aa  78.6  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  31.85 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  28.02 
 
 		 377 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0733  diguanylate cyclase  29.58 
 
 		 514 aa  79  0.0000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.057951  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 357 aa  79  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  32.85 
 
 		 278 aa  79  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.06 
 
 		 332 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  27.91 
 
 		 540 aa  78.2  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.09 
 
 		 599 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.7 
 
 		 722 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  29.37 
 
 		 340 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 336 aa  78.2  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>