More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3392 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_3392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
406 aa  839    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0426  putative GGDEF protein  32.92 
 
 
413 aa  233  6e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.631508  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 
485 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  36.54 
 
 
410 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  36.54 
 
 
410 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.88 
 
 
485 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.54 
 
 
410 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
459 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.54 
 
 
430 aa  124  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.54 
 
 
430 aa  124  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.54 
 
 
430 aa  123  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.54 
 
 
430 aa  123  5e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.06 
 
 
430 aa  122  9e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.06 
 
 
410 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  40.48 
 
 
485 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 
791 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.84 
 
 
505 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.46 
 
 
686 aa  120  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  39.88 
 
 
485 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  35.63 
 
 
508 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.46 
 
 
659 aa  118  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  39.26 
 
 
353 aa  117  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.62 
 
 
730 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.51 
 
 
532 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  38.55 
 
 
385 aa  117  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2712  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.98 
 
 
793 aa  117  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109908 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  38.55 
 
 
385 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.19 
 
 
800 aa  116  6e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0050  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.31 
 
 
440 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0873  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.05 
 
 
583 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 
499 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 
489 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  39.51 
 
 
532 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  38.07 
 
 
499 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  37.95 
 
 
385 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 
484 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.67 
 
 
842 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0664928  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.12 
 
 
778 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.479414  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 
499 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 
489 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  37.8 
 
 
395 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  38.07 
 
 
506 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.52 
 
 
900 aa  114  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.59 
 
 
415 aa  114  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  33.72 
 
 
388 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
1774 aa  114  4.0000000000000004e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  33.72 
 
 
388 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  34.16 
 
 
732 aa  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  37.2 
 
 
395 aa  113  6e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  36.31 
 
 
457 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 
506 aa  113  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  34.71 
 
 
631 aa  113  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2009  diguanylate cyclase  34.38 
 
 
482 aa  113  7.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.78 
 
 
866 aa  113  7.000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.550803  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  29.21 
 
 
452 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  25.18 
 
 
428 aa  113  8.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  25.41 
 
 
437 aa  112  8.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  38.12 
 
 
615 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  35.59 
 
 
295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  34.09 
 
 
237 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  37.72 
 
 
690 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  38.65 
 
 
570 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.47 
 
 
698 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  36.99 
 
 
403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  30.81 
 
 
674 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  37.72 
 
 
559 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 
547 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4871  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.15 
 
 
684 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.87 
 
 
307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  30 
 
 
792 aa  110  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.75 
 
 
305 aa  110  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  35.33 
 
 
486 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.61 
 
 
738 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  32.47 
 
 
1000 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  38.15 
 
 
559 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  35.22 
 
 
487 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  34.66 
 
 
382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  37.99 
 
 
425 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  39.39 
 
 
386 aa  110  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.49 
 
 
585 aa  110  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  34.71 
 
 
696 aa  110  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  38.27 
 
 
457 aa  110  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
659 aa  110  6e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  39.08 
 
 
391 aa  110  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  35.12 
 
 
457 aa  110  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  35.93 
 
 
486 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  35.33 
 
 
508 aa  110  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  35.93 
 
 
486 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  36.26 
 
 
533 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.52 
 
 
675 aa  110  7.000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  35.93 
 
 
486 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  35.93 
 
 
486 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.52 
 
 
304 aa  109  7.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2124  diguanylate cyclase  36.63 
 
 
315 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0045948  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  34.73 
 
 
600 aa  109  8.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01479  predicted diguanylate cyclase  36.63 
 
 
315 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
738 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1604  diguanylate cyclase  36.63 
 
 
279 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.608459  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37050  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  31.06 
 
 
919 aa  109  9.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.790153  normal  0.0286025 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
267 aa  109  9.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>