More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03046 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  100 
 
 		 518 aa  1067    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  31.73 
 
 		 518 aa  236  7e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 514 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  31.01 
 
 		 518 aa  232  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  29.46 
 
 		 518 aa  225  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 518 aa  224  2e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  30.02 
 
 		 518 aa  223  9e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  30.02 
 
 		 518 aa  223  9e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  29.48 
 
 		 518 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 530 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  31.01 
 
 		 518 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  31.01 
 
 		 518 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 518 aa  219  7e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 518 aa  219  8.999999999999998e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 518 aa  219  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 518 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  30.77 
 
 		 518 aa  200  7e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  30.12 
 
 		 536 aa  190  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  31.73 
 
 		 565 aa  189  8e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  30.45 
 
 		 668 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 614 aa  186  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  33.33 
 
 		 690 aa  186  9e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 696 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  35.29 
 
 		 671 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  32.72 
 
 		 677 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 645 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 461 aa  178  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 642 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 645 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  28.44 
 
 		 521 aa  172  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 460 aa  169  1e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 653 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  31.12 
 
 		 524 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  27.11 
 
 		 518 aa  162  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  28.48 
 
 		 520 aa  160  4e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 451 aa  160  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  34.75 
 
 		 516 aa  150  5e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  34.75 
 
 		 516 aa  150  5e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  27.46 
 
 		 508 aa  148  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  37.61 
 
 		 347 aa  143  8e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  28.1 
 
 		 559 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 343 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 464 aa  140  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 355 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 		 496 aa  137  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 477 aa  137  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 381 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 532 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 351 aa  133  6e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 714 aa  133  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 349 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 753 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 355 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 347 aa  131  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 532 aa  131  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  32.59 
 
 		 355 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 320 aa  129  9.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 532 aa  130  9.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  37.08 
 
 		 551 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 599 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2459  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 335 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 308 aa  128  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 307 aa  128  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0867  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 312 aa  128  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.711393  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 427 aa  128  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  33.68 
 
 		 340 aa  128  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 308 aa  128  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32350  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  37.37 
 
 		 628 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.32989 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 343 aa  127  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 569 aa  126  7e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 464 aa  127  7e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 516 aa  126  9e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 614 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 		 324 aa  126  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.38 
 
 		 419 aa  126  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  37.65 
 
 		 428 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 355 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 351 aa  125  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 304 aa  125  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.82 
 
 		 297 aa  125  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.07 
 
 		 355 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.15 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 414 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.09 
 
 		 1078 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.25 
 
 		 901 aa  124  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 392 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 507 aa  124  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 570 aa  124  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 583 aa  124  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 488 aa  124  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  37.77 
 
 		 568 aa  124  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.76 
 
 		 325 aa  124  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 387 aa  124  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 559 aa  124  5e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 507 aa  124  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.4 
 
 		 1260 aa  124  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0616256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.18 
 
 		 297 aa  123  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>