More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2011 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_2011  diguanylate cyclase  100 
 
 		 558 aa  1080    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0457364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4159  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 530 aa  193  6e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.956326 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0178  diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 521 aa  164  5.0000000000000005e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.776824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  32.71 
 
 		 609 aa  149  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 546 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 447 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  36.44 
 
 		 568 aa  132  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  36.91 
 
 		 551 aa  127  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 317 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 317 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  40 
 
 		 585 aa  124  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 629 aa  124  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  42.86 
 
 		 415 aa  123  9e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  28.22 
 
 		 613 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 592 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.18 
 
 		 609 aa  122  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 381 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4523  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 532 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.646592 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.18 
 
 		 709 aa  121  3e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0294  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 504 aa  121  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166805  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 381 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.32 
 
 		 1079 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.17 
 
 		 769 aa  120  7e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  41.71 
 
 		 381 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 457 aa  120  7.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  41.67 
 
 		 455 aa  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.68 
 
 		 550 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1873  diguanylate cyclase  47.12 
 
 		 509 aa  118  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.41222  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 377 aa  118  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1528  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 321 aa  117  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 610 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 340 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 591 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.98 
 
 		 557 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4221  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.9 
 
 		 543 aa  115  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.363581  normal  0.801256 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.17 
 
 		 975 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 794 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 494 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  37.57 
 
 		 305 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 674 aa  115  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 653 aa  115  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  39.55 
 
 		 476 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 627 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 382 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  38.1 
 
 		 946 aa  113  8.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  37.99 
 
 		 604 aa  113  9e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  35.29 
 
 		 418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 494 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 722 aa  112  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.17 
 
 		 668 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.43 
 
 		 444 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 202 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 316 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0380  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 563 aa  112  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 764 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 464 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 764 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.39 
 
 		 415 aa  112  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.17 
 
 		 668 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  36.13 
 
 		 302 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  37.2 
 
 		 626 aa  111  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 390 aa  111  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 764 aa  111  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 714 aa  111  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1619  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.67 
 
 		 632 aa  111  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.702165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 574 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 392 aa  111  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.27 
 
 		 531 aa  110  5e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 370 aa  110  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1813  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 542 aa  110  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 646 aa  110  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.46 
 
 		 896 aa  110  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 405 aa  110  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 375 aa  110  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  38.24 
 
 		 273 aa  110  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.63 
 
 		 550 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 360 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  38.39 
 
 		 560 aa  110  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  35.71 
 
 		 589 aa  110  9.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 866 aa  110  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 359 aa  110  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 		 302 aa  110  9.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.5 
 
 		 901 aa  110  9.000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.57 
 
 		 355 aa  110  9.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 345 aa  110  9.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 381 aa  109  1e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 373 aa  109  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  33.93 
 
 		 482 aa  109  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 339 aa  109  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.5 
 
 		 432 aa  109  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00630975  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 312 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  36.69 
 
 		 688 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 317 aa  108  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  34.38 
 
 		 431 aa  108  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  33.33 
 
 		 320 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6813  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 285 aa  109  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.823191  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>