217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_4258 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  100 
 
 		 547 aa  1055    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  52.21 
 
 		 537 aa  474  1e-132  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23280  hypothetical protein  35.97 
 
 		 512 aa  224  4e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.122242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2432  transcriptional regulator, CdaR  35.84 
 
 		 514 aa  220  6e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0322686 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1496  putative transcriptional regulator, PucR family  37 
 
 		 502 aa  207  4e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3595  putative transcriptional regulator, PucR family  38.67 
 
 		 529 aa  206  6e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.15656  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2598  transcriptional regulator CdaR  34.17 
 
 		 511 aa  199  7.999999999999999e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0076  transcriptional regulator, CdaR  33.45 
 
 		 611 aa  197  6e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.105438  normal  0.388356 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5234  putative DNA-binding protein  37.04 
 
 		 515 aa  194  3e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.198671  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5322  putative DNA-binding protein  37.04 
 
 		 515 aa  194  3e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.266784 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5614  putative DNA-binding protein  37.04 
 
 		 515 aa  194  3e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.3289 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4880  putative transcriptional regulator, PucR family  32.52 
 
 		 522 aa  193  6e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.750606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1083  putative transcriptional regulator, PucR family  33.09 
 
 		 512 aa  181  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1946  putative DNA-binding protein  34.94 
 
 		 514 aa  179  1e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5270  putative transcriptional regulator, PucR family  35.4 
 
 		 522 aa  178  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.16716  normal  0.125763 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2798  putative DNA-binding protein  38.02 
 
 		 530 aa  176  9.999999999999999e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.322592  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4508  putative transcriptional regulator, PucR family  33.17 
 
 		 498 aa  137  4e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4779  putative DNA-binding protein  40.39 
 
 		 510 aa  127  5e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821414 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11210  hypothetical protein  29.3 
 
 		 538 aa  108  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 410 aa  103  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4027  hypothetical protein  29.92 
 
 		 554 aa  99.8  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4102  hypothetical protein  29.92 
 
 		 554 aa  99.8  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.471493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4257  hypothetical protein  29.92 
 
 		 554 aa  99.8  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0586368 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3547  CdaR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 532 aa  94.7  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  25.62 
 
 		 411 aa  92.8  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1305  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  29.67 
 
 		 540 aa  91.3  4e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  21.99 
 
 		 555 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 403 aa  80.5  0.00000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  30.25 
 
 		 412 aa  76.3  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 553 aa  73.6  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 597 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  42.71 
 
 		 501 aa  72  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  43.84 
 
 		 518 aa  69.3  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  32.64 
 
 		 740 aa  70.1  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4740  transcriptional regulator, CdaR  28.78 
 
 		 515 aa  67  0.0000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 552 aa  65.9  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2290  transcriptional regulator, CdaR  30.17 
 
 		 403 aa  64.7  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0424892 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  26.57 
 
 		 442 aa  64.3  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  33.99 
 
 		 525 aa  64.3  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  42.86 
 
 		 547 aa  63.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 376 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  45.83 
 
 		 525 aa  62.4  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  45.83 
 
 		 520 aa  62.8  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  41.1 
 
 		 407 aa  62  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  27.95 
 
 		 514 aa  61.2  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  31.94 
 
 		 705 aa  60.8  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4527  hypothetical protein  45.31 
 
 		 525 aa  60.8  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.354978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  30 
 
 		 562 aa  59.7  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  29.93 
 
 		 404 aa  59.3  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 558 aa  57.8  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  28.85 
 
 		 413 aa  57.8  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  28.57 
 
 		 739 aa  57.4  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  44.12 
 
 		 543 aa  57.4  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4185  transcriptional regulator, CdaR  41.67 
 
 		 392 aa  57  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.848458 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  28.85 
 
 		 413 aa  56.6  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  45.16 
 
 		 387 aa  56.2  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  28.85 
 
 		 413 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  38.67 
 
 		 520 aa  56.2  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  27.56 
 
 		 407 aa  55.8  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 410 aa  55.8  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  39.47 
 
 		 413 aa  56.2  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  40 
 
 		 505 aa  55.8  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2428  putative transcriptional regulator, PucR family  28.93 
 
 		 563 aa  55.5  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 374 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 410 aa  55.5  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 563 aa  55.5  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 514 aa  55.1  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2943  putative PucR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 468 aa  55.1  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  26.95 
 
 		 383 aa  55.5  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.28 
 
 		 385 aa  54.7  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  26.28 
 
 		 385 aa  54.3  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 564 aa  54.3  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  31.15 
 
 		 602 aa  54.3  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 410 aa  54.7  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3378  purine catabolism PurC domain-containing protein  38.24 
 
 		 445 aa  54.3  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  26.28 
 
 		 385 aa  54.3  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.28 
 
 		 385 aa  54.3  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  28.49 
 
 		 600 aa  54.3  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.28 
 
 		 376 aa  54.3  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 305 aa  53.9  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  23.33 
 
 		 493 aa  53.9  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  30.38 
 
 		 382 aa  53.9  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 477 aa  53.9  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0319  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 518 aa  53.5  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09280  Fis family regulatory protein  39.19 
 
 		 411 aa  53.5  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.739433  normal  0.888606 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  25.91 
 
 		 385 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0691  helix-turn-helix, Fis-type  44.93 
 
 		 486 aa  53.5  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.819144  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.91 
 
 		 385 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.28 
 
 		 385 aa  53.5  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.88 
 
 		 385 aa  53.1  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  43.28 
 
 		 637 aa  52.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2710  putative transcriptional regulator, PucR family  48 
 
 		 226 aa  52.8  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  44 
 
 		 379 aa  52.4  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  27.75 
 
 		 413 aa  52.4  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  28.68 
 
 		 385 aa  52.4  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0930  PucR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 464 aa  52.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.465733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  34.67 
 
 		 415 aa  52  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1641  transcriptional regulator, CdaR  31.18 
 
 		 416 aa  52  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  38.24 
 
 		 486 aa  52  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  38.89 
 
 		 650 aa  52  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>