241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0923 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_0923  diguanylate cyclase  100 
 
 
609 aa  1208    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.62016 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1061  diguanylate cyclase  28.92 
 
 
632 aa  189  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.656983 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  28.46 
 
 
795 aa  134  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.51 
 
 
802 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  26.64 
 
 
601 aa  126  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  26.78 
 
 
782 aa  125  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  28.23 
 
 
630 aa  120  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.73 
 
 
662 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 
663 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 
662 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  25.59 
 
 
668 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 
662 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  25.12 
 
 
677 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  26.2 
 
 
634 aa  102  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  22.42 
 
 
588 aa  101  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  25.52 
 
 
614 aa  98.2  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  22.01 
 
 
578 aa  97.8  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  23.38 
 
 
612 aa  90.9  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  29.64 
 
 
636 aa  89.7  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  22.02 
 
 
708 aa  89  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  21.99 
 
 
726 aa  88.6  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  21.09 
 
 
603 aa  82.4  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  23.1 
 
 
715 aa  81.3  0.00000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  23.61 
 
 
749 aa  81.3  0.00000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0141753  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  23.7 
 
 
565 aa  80.9  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  21.24 
 
 
611 aa  78.6  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  22.31 
 
 
564 aa  77.4  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  22.77 
 
 
618 aa  74.7  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2800  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  21.72 
 
 
696 aa  73.9  0.000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0120614  normal  0.163305 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6490  ATP-binding region ATPase domain protein  21.73 
 
 
636 aa  73.6  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1654  chromosome segregation ATPase; intracellular signalling protein  20.79 
 
 
596 aa  73.2  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.353113  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  26.32 
 
 
561 aa  73.6  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  22.27 
 
 
638 aa  70.9  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  25.39 
 
 
628 aa  68.9  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.81 
 
 
853 aa  68.9  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  24.95 
 
 
627 aa  67.8  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2799  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  21.29 
 
 
716 aa  67.4  0.0000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000869  normal  0.160664 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2797  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  20.31 
 
 
707 aa  66.2  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000203115  normal  0.0370017 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5597  Diverse 7TM receptor transmembrane region  23.25 
 
 
634 aa  65.1  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  24.42 
 
 
631 aa  64.7  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  23.94 
 
 
577 aa  63.9  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3587  Diverse 7TM receptor transmembrane region  21.22 
 
 
642 aa  63.9  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.361331  hitchhiker  0.0015887 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  21.68 
 
 
570 aa  63.5  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  20.92 
 
 
724 aa  62  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3414  diverse 7TM receptor, extracellular region 2  22.69 
 
 
560 aa  61.6  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  24.1 
 
 
673 aa  60.8  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  22.94 
 
 
621 aa  60.8  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  30.09 
 
 
523 aa  60.1  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  23.77 
 
 
557 aa  60.1  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0255  sensor protein  19.53 
 
 
631 aa  59.7  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  26.67 
 
 
586 aa  58.5  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  22.84 
 
 
506 aa  58.2  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.17 
 
 
1114 aa  57.8  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.46 
 
 
862 aa  57.4  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.525156  hitchhiker  0.0000167572 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.15 
 
 
1051 aa  57.4  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.126981  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  21.84 
 
 
730 aa  57  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  26.19 
 
 
1141 aa  56.6  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4261  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28 
 
 
861 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.329613  normal  0.598513 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3468  sensor histidine kinase  22.42 
 
 
651 aa  56.6  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.355091 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  29.44 
 
 
371 aa  56.2  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  23.62 
 
 
641 aa  55.8  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  19.27 
 
 
1466 aa  55.5  0.000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1985  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.17 
 
 
639 aa  55.5  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267533  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  25.97 
 
 
387 aa  55.5  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 
932 aa  55.1  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.09 
 
 
950 aa  54.7  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.491225 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0737  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.78 
 
 
644 aa  54.3  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00181069  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2846  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  29.24 
 
 
1043 aa  53.9  0.000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.698632  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4358  Diverse 7TM receptor transmembrane region  21.75 
 
 
600 aa  53.9  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.934126  normal  0.0321305 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1154  sensory box protein  27.43 
 
 
861 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.369215  normal  0.176732 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  23.53 
 
 
624 aa  53.1  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.95 
 
 
686 aa  53.5  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1188  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.43 
 
 
861 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.179434 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  22.99 
 
 
921 aa  52.8  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2597  GGDEF  28.26 
 
 
534 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.036812 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41190  integral membrane sensor hybrid histidine protein kinase  25.09 
 
 
796 aa  52.8  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.13 
 
 
1012 aa  52.8  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1839  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.57 
 
 
763 aa  52.8  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.338108 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.75 
 
 
821 aa  52  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.22 
 
 
747 aa  52  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7616  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.4 
 
 
563 aa  52.4  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.226909  normal  0.207076 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  24.53 
 
 
408 aa  52  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0895  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.61 
 
 
701 aa  51.6  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.88 
 
 
878 aa  51.6  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00150219 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  21.73 
 
 
641 aa  51.6  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1596  Diverse 7TM receptor transmembrane region  23.47 
 
 
660 aa  52  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1073  7TM domain sensor diguanylate cyclase  22.4 
 
 
596 aa  51.2  0.00006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494808  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3627  signal transduction protein  24.61 
 
 
709 aa  50.8  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  23.03 
 
 
564 aa  50.8  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  19.79 
 
 
623 aa  50.4  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.77 
 
 
790 aa  50.8  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0498  diguanylate cyclase  23.08 
 
 
410 aa  50.8  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.195529  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  30.39 
 
 
1047 aa  50.4  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.603793  normal  0.591711 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.56 
 
 
888 aa  50.4  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.301142  normal  0.0507788 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.72 
 
 
867 aa  50.4  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.44 
 
 
853 aa  50.1  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  29.37 
 
 
517 aa  49.7  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  23.03 
 
 
563 aa  50.1  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0540  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.63 
 
 
693 aa  49.7  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00344022 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  30.39 
 
 
1047 aa  50.4  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>