More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6030 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  100 
 
 		 222 aa  451  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 200 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  44.62 
 
 		 200 aa  158  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 201 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  32.94 
 
 		 200 aa  89.4  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 204 aa  86.3  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  29.71 
 
 		 208 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  29.89 
 
 		 207 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 207 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 204 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 195 aa  81.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 204 aa  75.1  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 205 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 205 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  29.47 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 203 aa  70.9  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 196 aa  69.7  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 202 aa  68.9  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 209 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  28.81 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  34.12 
 
 		 242 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  25.65 
 
 		 195 aa  65.5  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 194 aa  65.1  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  31.32 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  31.32 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  31.32 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 		 201 aa  61.6  0.000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  29.94 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 205 aa  61.2  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 208 aa  61.2  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3984  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.765993  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2468  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5380  TetR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 197 aa  58.9  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.768843  normal  0.61228 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  39.24 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  27.01 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  28.26 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 224 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0375  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0366  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.100088  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0363  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0370  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0455  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0937341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0389  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0433  transcriptional regulator, TetR family  27.61 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  28.1 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4869  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  26.01 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3897  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  27.17 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 205 aa  55.8  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1283  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4505  regulatory protein TetR  34.94 
 
 		 390 aa  55.5  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.215764  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0420  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  44.64 
 
 		 223 aa  55.5  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3985  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 425 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0815  transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3060  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 203 aa  54.3  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0503  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 193 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0503  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 		 193 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1590  transcriptional regulator, TetR family  42.5 
 
 		 231 aa  53.5  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.299217  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  35.71 
 
 		 196 aa  54.3  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 229 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1044  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 180 aa  53.9  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0206033 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  25.6 
 
 		 204 aa  53.5  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5353  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0670  transcriptional regulator, TetR family  48.21 
 
 		 227 aa  54.3  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.591564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 		 221 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  25.58 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5442  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2556  transcriptional regulator, TetR family  39.19 
 
 		 208 aa  53.9  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000489141  normal  0.182844 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5732  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 224 aa  53.5  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3172  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 198 aa  53.1  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4304  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 202 aa  53.1  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148025  normal  0.676238 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4318  transcriptional regulator, TetR family  26.89 
 
 		 214 aa  53.1  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.419772 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 234 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 234 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4473  putative transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 208 aa  53.5  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.446518  normal  0.220039 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2962  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 201 aa  53.1  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 189 aa  52.8  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7041  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 224 aa  52.4  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.971453 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0359  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 193 aa  52.4  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.717722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 213 aa  52.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1496  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 206 aa  52.4  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 260 aa  52.8  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 204 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4171  TetR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 203 aa  52  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0201849  hitchhiker  0.000462956 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16270  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 287 aa  52  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>