More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2481 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  100 
 
 		 374 aa  762    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1394  diguanylate cyclase  55.49 
 
 		 363 aa  365  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0382042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 343 aa  193  4e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  37.61 
 
 		 378 aa  192  7e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 353 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 353 aa  150  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 352 aa  148  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 355 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 348 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 351 aa  139  8.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  29.52 
 
 		 343 aa  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  30.31 
 
 		 347 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  29.23 
 
 		 352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  30.52 
 
 		 355 aa  132  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  29.77 
 
 		 355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 359 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  29.78 
 
 		 372 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 354 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  41.38 
 
 		 565 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  34.93 
 
 		 353 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  34.58 
 
 		 965 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  27.16 
 
 		 350 aa  125  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 369 aa  125  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 369 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  29.77 
 
 		 352 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  30.13 
 
 		 355 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0034  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 433 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523887  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  29.86 
 
 		 520 aa  122  7e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 352 aa  122  7e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 360 aa  122  7e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 352 aa  123  7e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 388 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 388 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 569 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 384 aa  120  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 523 aa  120  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  31.13 
 
 		 355 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  26.91 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  29.14 
 
 		 350 aa  119  9e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  30.47 
 
 		 507 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  30.47 
 
 		 507 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  37.75 
 
 		 668 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 451 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 516 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 554 aa  117  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  32.27 
 
 		 585 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  34.74 
 
 		 721 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 521 aa  117  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 308 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 419 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 342 aa  116  6.9999999999999995e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  35.47 
 
 		 946 aa  115  8.999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 443 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 614 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  32.42 
 
 		 357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 510 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 510 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 510 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0712  diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 523 aa  114  2.0000000000000002e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  36.87 
 
 		 551 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03378  Putative signal protein with GGDEF domain  35.87 
 
 		 510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 492 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 510 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  34.92 
 
 		 516 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  27.88 
 
 		 355 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  38.53 
 
 		 393 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  30.37 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 443 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.28 
 
 		 572 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36 
 
 		 307 aa  113  5e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3489  GGDEF domain-containing protein  38.14 
 
 		 312 aa  113  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 312 aa  113  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 461 aa  113  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 385 aa  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0076  GGDEF domain-containing protein  32.23 
 
 		 524 aa  113  7.000000000000001e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.790276  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 559 aa  112  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 460 aa  113  7.000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  34.92 
 
 		 516 aa  112  8.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  32.65 
 
 		 690 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  30.63 
 
 		 518 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  33.06 
 
 		 599 aa  112  9e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  35.39 
 
 		 949 aa  112  9e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  33.95 
 
 		 464 aa  112  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  37.89 
 
 		 419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  30.31 
 
 		 645 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 352 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 518 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  36.26 
 
 		 603 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 518 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  29.53 
 
 		 614 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  31.17 
 
 		 645 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  25.6 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  36.27 
 
 		 671 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2652  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.9 
 
 		 608 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>