More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3294 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.19 
 
 		 718 aa  693    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  68.7 
 
 		 715 aa  850    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  54.32 
 
 		 814 aa  822    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.77 
 
 		 718 aa  696    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0011  DNA ligase, NAD-dependent  55.02 
 
 		 810 aa  820    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927045  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.93 
 
 		 719 aa  728    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5105  DNA ligase, NAD-dependent  54 
 
 		 814 aa  805    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  55.28 
 
 		 829 aa  867    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.44 
 
 		 717 aa  683    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  64.79 
 
 		 716 aa  822    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  49.31 
 
 		 704 aa  654    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  51.69 
 
 		 700 aa  745    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  49.44 
 
 		 704 aa  644    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  50.06 
 
 		 704 aa  656    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  53.39 
 
 		 716 aa  776    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  69.64 
 
 		 714 aa  844    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  50.06 
 
 		 721 aa  682    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  50.57 
 
 		 708 aa  671    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  49.94 
 
 		 752 aa  649    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 795 aa  1618    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.75 
 
 		 721 aa  721    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  67.92 
 
 		 714 aa  834    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  59.48 
 
 		 714 aa  910    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.6 
 
 		 719 aa  649    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.93 
 
 		 719 aa  728    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0549  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 		 714 aa  636    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183807  normal  0.14967 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  57.39 
 
 		 720 aa  664    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  49.18 
 
 		 703 aa  665    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  48.88 
 
 		 710 aa  674    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  58.32 
 
 		 699 aa  669    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1689  DNA ligase, NAD-dependent  55.49 
 
 		 827 aa  845    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.914748 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4642  DNA ligase, NAD-dependent  54.24 
 
 		 814 aa  824    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885288 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3097  DNA ligase, NAD-dependent  49.75 
 
 		 792 aa  677    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  56.43 
 
 		 698 aa  622  1e-176  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1398  DNA ligase, NAD-dependent  47.79 
 
 		 739 aa  618  1e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.695979 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  56.55 
 
 		 701 aa  618  1e-175  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  54.6 
 
 		 741 aa  618  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  46.28 
 
 		 708 aa  608  9.999999999999999e-173  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.78 
 
 		 717 aa  606  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  53.21 
 
 		 765 aa  585  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  45.04 
 
 		 711 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2583  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.89 
 
 		 821 aa  573  1.0000000000000001e-162  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  44.16 
 
 		 697 aa  561  1e-158  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  43.51 
 
 		 673 aa  553  1e-156  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30290  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.8 
 
 		 784 aa  553  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.301541  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  43.24 
 
 		 673 aa  552  1e-156  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2128  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.78 
 
 		 837 aa  544  1e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.825717  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1594  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.71 
 
 		 776 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867553 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2047  NAD-dependent DNA ligase LigA  41 
 
 		 831 aa  540  9.999999999999999e-153  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4274  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.58 
 
 		 776 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2746  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.01 
 
 		 786 aa  538  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0339353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1801  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.77 
 
 		 785 aa  538  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0162634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.5 
 
 		 776 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.79 
 
 		 673 aa  532  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  42.35 
 
 		 690 aa  535  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.11 
 
 		 776 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3804  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.12 
 
 		 794 aa  529  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44660  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.24 
 
 		 794 aa  531  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0139158  normal  0.0637496 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1398  putative DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]) protein  42.79 
 
 		 813 aa  527  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.83 
 
 		 673 aa  528  1e-148  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1819  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.05 
 
 		 787 aa  525  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.386277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1336  DNA ligase, NAD-dependent  43.32 
 
 		 813 aa  524  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.528438 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  40.34 
 
 		 672 aa  524  1e-147  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3656  DNA ligase, NAD-dependent  41.05 
 
 		 787 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  49.74 
 
 		 691 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  49.74 
 
 		 691 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1272  DNA ligase, NAD-dependent  42.4 
 
 		 817 aa  520  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.229595 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  42.13 
 
 		 706 aa  521  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  48.69 
 
 		 721 aa  520  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  49.74 
 
 		 691 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  49.74 
 
 		 691 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  50 
 
 		 683 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  47.94 
 
 		 672 aa  518  1.0000000000000001e-145  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  49.74 
 
 		 691 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  49.74 
 
 		 691 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  49.2 
 
 		 691 aa  512  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  49.74 
 
 		 691 aa  515  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  49.65 
 
 		 691 aa  515  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  49.38 
 
 		 691 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  49.03 
 
 		 691 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  48.86 
 
 		 691 aa  511  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  49.47 
 
 		 688 aa  510  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  49.03 
 
 		 746 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  49.03 
 
 		 691 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  50.95 
 
 		 682 aa  508  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  47.71 
 
 		 678 aa  508  9.999999999999999e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  49.03 
 
 		 691 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  48.56 
 
 		 675 aa  506  9.999999999999999e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  40.52 
 
 		 707 aa  508  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  49.12 
 
 		 688 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  49.66 
 
 		 686 aa  503  1e-141  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  47.62 
 
 		 674 aa  502  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  48.75 
 
 		 691 aa  502  1e-141  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  49.14 
 
 		 671 aa  502  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  40.96 
 
 		 681 aa  505  1e-141  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3071  DNA ligase, NAD-dependent  45.65 
 
 		 704 aa  502  1e-140  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.678716  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.45 
 
 		 669 aa  496  1e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  48.76 
 
 		 671 aa  497  1e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  48.57 
 
 		 683 aa  496  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0702  NAD-dependent DNA ligase  40.21 
 
 		 677 aa  492  9.999999999999999e-139  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>