758 genes were found for organism Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 8    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
TM1040_3032  CDS  NC_008043  6  827  +  822  sulfate/tungstate ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  YP_611268  normal  0.425181  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3033  CDS  NC_008043  855  1769  +  915  excisionase/Xis, DNA-binding  YP_611269  normal  0.627333  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3034  CDS  NC_008043  1785  2594  -  810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_611270  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3035  CDS  NC_008043  2587  3354  -  768  ABC transporter related  YP_611271  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3036  CDS  NC_008043  3409  4425  -  1017  sulfonate ABC transporter, periplamic sulfonate-binding protein  YP_611272  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3037  CDS  NC_008043  4480  5145  -  666  GntR family transcriptional regulator  YP_611273  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3038  CDS  NC_008043  5407  6159  +  753  extracellular solute-binding protein  YP_611274  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3039  CDS  NC_008043  6188  6838  +  651  amino acid ABC transporter permease  YP_611275  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3040  CDS  NC_008043  6835  7581  +  747  ABC transporter related  YP_611276  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3041  CDS  NC_008043  8058  11189  +  3132  hemolysin-type calcium-binding region  YP_611277  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3042  CDS  NC_008043  11228  12154  -  927  PfkB  YP_611278  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3043  CDS  NC_008043  12814  13383  +  570  hypothetical protein  YP_611279  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3044  CDS  NC_008043  13418  14599  +  1182  hypothetical protein  YP_611280  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3045  CDS  NC_008043  14630  15097  +  468  hypothetical protein  YP_611281  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3046  CDS  NC_008043  15109  15927  +  819  hypothetical protein  YP_611282  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3047  CDS  NC_008043  15929  16912  +  984  hypothetical protein  YP_611283  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3048  CDS  NC_008043  16974  17483  -  510  hypothetical protein  YP_611284  normal  0.35684  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3049  CDS  NC_008043  17544  19208  -  1665  twin-arginine translocation pathway signal  YP_611285  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3050  CDS  NC_008043  19304  20188  -  885  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  YP_611286  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3051  CDS  NC_008043  20200  21609  -  1410  FAD linked oxidase-like  YP_611287  normal  0.89467  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3052  CDS  NC_008043  21606  22877  -  1272  amidohydrolase  YP_611288  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3053  CDS  NC_008043  22874  23665  -  792  creatininase  YP_611289  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3054  CDS  NC_008043  23662  24357  -  696  glutamine amidotransferase  YP_611290  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3055  CDS  NC_008043  24485  24871  +  387  endoribonuclease L-PSP  YP_611291  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3056  CDS  NC_008043  25025  25267  -  243  hypothetical protein  YP_611292  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3057  CDS  NC_008043  25251  25712  -  462  hypothetical protein  YP_611293  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3058  CDS  NC_008043  25759  26748  -  990  beta-lactamase-like  YP_611294  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3059  CDS  NC_008043  26802  28514  -  1713  acyl-CoA dehydrogenase-like  YP_611295  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3060  CDS  NC_008043  28710  29681  +  972  translation factor SUA5  YP_611296  normal  0.279316  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3061  CDS  NC_008043  29742  30509  +  768  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  YP_611297  normal  0.247484  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3062  CDS  NC_008043  30534  31142  +  609  metallophosphoesterase  YP_611298  normal  0.27593  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3063  CDS  NC_008043  31142  31765  +  624  lysine exporter protein LysE/YggA  YP_611299  normal  0.657722  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3064  CDS  NC_008043  31771  32313  +  543  molybdenum cofactor biosynthesis protein B  YP_611300  normal  0.591367  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3065  CDS  NC_008043  32428  33891  +  1464  secretion protein HlyD  YP_611301  normal  0.757879  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3066  CDS  NC_008043  33952  37365  +  3414  acriflavin resistance protein  YP_611302  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3067  CDS  NC_008043  37311  37790  -  480  NUDIX hydrolase  YP_611303  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3068  CDS  NC_008043  37867  38652  -  786  hypothetical protein  YP_611304  normal  0.893095  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3069  CDS  NC_008043  38804  39424  +  621  hypothetical protein  YP_611305  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3070  CDS  NC_008043  39746  40705  +  960  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  YP_611306  normal  0.87496  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3071  CDS  NC_008043  40711  41244  +  534  hypothetical protein  YP_611307  normal  0.966495  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3072  CDS  NC_008043  41351  42661  +  1311  dihydroorotase  YP_611308  normal  0.490545  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3073  CDS  NC_008043  42661  43269  +  609  acyl-phosphate glycerol-3-phosphate acyltransferase  YP_611309  normal  0.306378  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3074  CDS  NC_008043  43540  44025  +  486  hypothetical protein  YP_611310  normal  0.479562  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3075  CDS  NC_008043  44125  44379  -  255  hypothetical protein  YP_611311  normal  0.890287  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3076  CDS  NC_008043  44581  45951  -  1371  glutamate--cysteine ligase  YP_611312  normal  1  normal  0.889782  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3077  CDS  NC_008043  46057  46584  -  528  hypothetical protein  YP_611313  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3078  CDS  NC_008043  46581  47450  -  870  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_611314  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3079  CDS  NC_008043  47450  48190  -  741  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  YP_611315  normal  1  normal  0.816692  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3080  CDS  NC_008043  48203  49165  +  963  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  YP_611316  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3081  CDS  NC_008043  49247  51208  +  1962  OmpA/MotB  YP_611317  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3082  CDS  NC_008043  51205  51525  +  321  hypothetical protein  YP_611318  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3083  CDS  NC_008043  51515  51922  +  408  hypothetical protein  YP_611319  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3084  CDS  NC_008043  52129  52830  +  702  phosphatidylserine decarboxylase  YP_611320  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3085  CDS  NC_008043  52823  53590  +  768  CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase  YP_611321  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3086  CDS  NC_008043  53571  54212  +  642  phosphatidylethanolamine N-methyltransferase / phosphatidyl-N-methylethanolamine N-methyltransferase  YP_611322  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3087  CDS  NC_008043  54543  55976  +  1434  hypothetical protein  YP_611323  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3088  CDS  NC_008043  56519  57196  +  678  lipoyltransferase  YP_611324  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3089  CDS  NC_008043  57652  59874  +  2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_611325  normal  0.552133  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3090  CDS  NC_008043  59876  60520  +  645  heme oxygenase  YP_611326  normal  0.768796  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3091  CDS  NC_008043  60682  61245  +  564  nitrogen-fixing NifU-like  YP_611327  normal  0.758224  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3092  CDS  NC_008043  61469  62116  +  648  peptidase M22, glycoprotease  YP_611328  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3093  CDS  NC_008043  62120  62554  +  435  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_611329  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3094  CDS  NC_008043  62691  63686  +  996  basic membrane lipoprotein  YP_611330  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3095  CDS  NC_008043  63876  65405  +  1530  ABC transporter related  YP_611331  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3096  CDS  NC_008043  65406  66500  +  1095  inner-membrane translocator  YP_611332  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3097  CDS  NC_008043  66500  67507  +  1008  inner-membrane translocator  YP_611333  normal  0.11064  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3098  CDS  NC_008043  67629  68621  +  993  hypothetical protein  YP_611334  normal  0.075635  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3099  CDS  NC_008043  68621  69388  +  768  hypothetical protein  YP_611335  normal  0.199405  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3100  CDS  NC_008043  69504  70241  -  738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_611336  normal  0.135621  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3101  CDS  NC_008043  70238  71791  -  1554  ATPase  YP_611337  normal  0.422259  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3102  CDS  NC_008043  71833  72552  -  720  LuxR family transcriptional regulator  YP_611338  normal  0.644499  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3103  CDS  NC_008043  72590  73012  +  423  hypothetical protein  YP_611339  normal  0.444488  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3104  CDS  NC_008043  73015  74295  -  1281  crotonyl-CoA reductase  YP_611340  normal  0.44731  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3105  CDS  NC_008043  74421  75851  -  1431  glycerol-3-phosphate acyltransferase  YP_611341  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3106  CDS  NC_008043  76029  78014  +  1986  methylmalonyl-CoA mutase  YP_611342  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3107  CDS  NC_008043  78144  78464  +  321  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  YP_611343  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3108  CDS  NC_008043  78483  79187  +  705  purine nucleoside phosphorylase  YP_611344  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3109  CDS  NC_008043  79360  80217  -  858  hypothetical protein  YP_611345  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3110  CDS  NC_008043  80347  81519  -  1173  ornithine decarboxylase  YP_611346  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3111  CDS  NC_008043  82004  82963  -  960  LysR family transcriptional regulator  YP_611347  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3112  CDS  NC_008043  83029  84546  +  1518  extracellular solute-binding protein  YP_611348  normal  0.817588  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3113  CDS  NC_008043  84619  85536  +  918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_611349  normal  0.31067  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3114  CDS  NC_008043  85541  86449  +  909  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_611350  normal  0.171582  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3115  CDS  NC_008043  86470  88485  +  2016  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  YP_611351  normal  0.426861  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3116  CDS  NC_008043  88482  89669  +  1188  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  YP_611352  normal  0.210379  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3117  CDS  NC_008043  89666  90961  +  1296  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  YP_611353  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3118  CDS  NC_008043  91339  91971  +  633  phage integrase  YP_611354  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3119  CDS  NC_008043  92141  92704  +  564  hypothetical protein  YP_611355  normal  0.343013  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3120  CDS  NC_008043  93112  93603  +  492  hypothetical protein  YP_611356  normal  0.231758  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3121  CDS  NC_008043  93987  94586  -  600  hypothetical protein  YP_611357  normal  0.112287  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3122  CDS  NC_008043  95143  96261  -  1119  hypothetical protein  YP_611358  normal  1  normal  0.860557  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3123  CDS  NC_008043  96406  97101  -  696  hypothetical protein  YP_611359  normal  1  normal  0.797507  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3124  CDS  NC_008043  98105  99355  -  1251  hypothetical protein  YP_611360  normal  1  normal  0.610314  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3125  CDS  NC_008043  99835  100098  +  264  hypothetical protein  YP_611361  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3126  CDS  NC_008043  100360  101157  -  798  integrase catalytic subunit  YP_611362  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3127  CDS  NC_008043  101190  101456  -  267  transposase IS3/IS911  YP_611363  normal  0.800536  normal  0.701441  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3128  CDS  NC_008043  101920  102945  +  1026  LacI family transcription regulator  YP_611364  normal  1  normal  0.77717  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3129  CDS  NC_008043  103016  104521  -  1506  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  YP_611365  normal  0.717892  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3130  CDS  NC_008043  104518  105138  -  621  hypothetical protein  YP_611366  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3131  CDS  NC_008043  105191  106237  -  1047  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  YP_611367  normal  0.722243  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 8    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8    next >  last >>