190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3058 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3058  beta-lactamase-like  100 
 
 
329 aa  680    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3086  metallo-beta-lactamase family protein  67.6 
 
 
349 aa  447  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.825394  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3893  beta-lactamase-like  65.14 
 
 
349 aa  440  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.042904 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2397  beta-lactamase domain-containing protein  63.3 
 
 
344 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.21584  normal  0.814785 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0741  putative metallo-beta-lactamase family protein  63.3 
 
 
344 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.844995  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2461  beta-lactamase domain-containing protein  62.39 
 
 
344 aa  424  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.889355 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0433  beta-lactamase domain-containing protein  56.37 
 
 
340 aa  364  1e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151814  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0777  beta-lactamase domain-containing protein  42.27 
 
 
352 aa  271  9e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.493847  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0680  beta-lactamase domain-containing protein  40.62 
 
 
365 aa  251  9.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2629  Beta-lactamase-like  41.88 
 
 
342 aa  241  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0253  metallo-beta-lactamase family protein  39.94 
 
 
365 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.921693 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2635  beta-lactamase domain protein  38.44 
 
 
349 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.963581 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2417  beta-lactamase domain-containing protein  38.36 
 
 
371 aa  232  6e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.146205  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01454  metallo-beta-lactamase family protein  34.05 
 
 
343 aa  231  9e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4274  Beta-lactamase-like  38.65 
 
 
357 aa  229  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4696  beta-lactamase domain-containing protein  38.23 
 
 
400 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.750931  normal  0.0866563 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0368  beta-lactamase-like protein  39.76 
 
 
374 aa  225  7e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.967784  normal  0.392052 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0310  beta-lactamase-like  35.14 
 
 
348 aa  222  9e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5569  beta-lactamase domain-containing protein  36.68 
 
 
363 aa  219  6e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0506555  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0923  beta-lactamase domain protein  36.04 
 
 
354 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.526967  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0103  Beta-lactamase-like  35.06 
 
 
341 aa  205  7e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0864  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase superfamily protein  34.29 
 
 
352 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.342538 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1982  beta-lactamase domain-containing protein  34.64 
 
 
361 aa  203  3e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4825  beta-lactamase-like  33.96 
 
 
354 aa  202  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.601465  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0839  beta-lactamase-like  34.27 
 
 
354 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.228122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4562  Beta-lactamase-like  33.96 
 
 
354 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.809352  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2123  beta-lactamase domain-containing protein  35.89 
 
 
369 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.747407  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0729  beta-lactamase domain protein  34.69 
 
 
344 aa  199  6e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4736  cyclic nucleotide-binding protein  37.61 
 
 
359 aa  198  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2837  beta-lactamase domain-containing protein  36.47 
 
 
358 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.9285 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2974  beta-lactamase domain-containing protein  36.18 
 
 
384 aa  196  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2311  beta-lactamase-like  36.64 
 
 
359 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2925  beta-lactamase domain-containing protein  36.64 
 
 
359 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3370  hypothetical protein  36.34 
 
 
362 aa  194  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4200  beta-lactamase domain-containing protein  38.3 
 
 
363 aa  193  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000948581 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4932  beta-lactamase domain-containing protein  35.58 
 
 
335 aa  193  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2940  beta-lactamase domain-containing protein  36.04 
 
 
359 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.571743 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6268  Beta-lactamase-like  36.34 
 
 
359 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4822  beta-lactamase domain-containing protein  35.47 
 
 
357 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.405979  normal  0.833796 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3089  metallo-beta-lactamase family protein  36.04 
 
 
359 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2007  metallo-beta-lactamase family protein  36.04 
 
 
359 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0420  metallo-beta-lactamase family protein  36.04 
 
 
359 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.611131  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2281  metallo-beta-lactamase family protein  36.04 
 
 
359 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.858667  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0093  metallo-beta-lactamase family protein  36.04 
 
 
383 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0400  metallo-beta-lactamase family protein  36.04 
 
 
359 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0380  beta-lactamase domain-containing protein  34.94 
 
 
359 aa  186  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.335712 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3844  beta-lactamase-like  35.33 
 
 
366 aa  186  5e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0582  metallo-beta-lactamase family protein  35.71 
 
 
331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4251  putative metallo-beta-lactamase superfamily protein  35.05 
 
 
357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.342604  normal  0.241726 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0139  beta-lactamase domain protein  34.22 
 
 
359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.486193  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0281  hypothetical protein  35.26 
 
 
359 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.18209  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0465  beta-lactamase domain protein  34.74 
 
 
357 aa  182  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0131  beta-lactamase domain protein  34.73 
 
 
359 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4193  beta-lactamase-like  32.53 
 
 
394 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2141  Beta-lactamase-like  33.44 
 
 
354 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0182  beta-lactamase domain-containing protein  34.74 
 
 
356 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0101  beta-lactamase-like protein  31.18 
 
 
359 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0347  metallo-beta-lactamase family protein  35.11 
 
 
326 aa  172  9e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.607947  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0132  Beta-lactamase-like  32.34 
 
 
358 aa  165  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1528  beta-lactamase-like protein  31.34 
 
 
331 aa  131  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0999562  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3993  beta-lactamase domain-containing protein  28.88 
 
 
321 aa  129  7.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000582662 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1152  beta-lactamase domain-containing protein  28.62 
 
 
321 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.489043  hitchhiker  0.0056375 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2650  beta-lactamase domain-containing protein  27.71 
 
 
324 aa  127  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1439  beta-lactamase domain protein  32.62 
 
 
329 aa  123  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000967067  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5264  beta-lactamase-like  28.98 
 
 
353 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2834  beta-lactamase domain protein  25.08 
 
 
324 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1728  beta-lactamase domain protein  28.75 
 
 
324 aa  100  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3655  beta-lactamase domain protein  29.94 
 
 
332 aa  97.8  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.114597  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1440  beta-lactamase domain-containing protein  28.75 
 
 
331 aa  97.1  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.482344  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4113  beta-lactamase domain protein  25.98 
 
 
355 aa  91.7  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.011437  normal  0.053603 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0390  beta-lactamase domain protein  30.45 
 
 
318 aa  90.5  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1745  beta-lactamase-like protein  30.89 
 
 
335 aa  89  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.931232  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0158  beta-lactamase domain-containing protein  29.27 
 
 
314 aa  87.4  3e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.625085 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0322  beta-lactamase domain protein  23.03 
 
 
310 aa  82  0.00000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.933059  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8202  beta-lactamase domain-containing protein  26.38 
 
 
339 aa  81.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0352  beta-lactamase domain protein  25.38 
 
 
323 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0051  beta-lactamase domain-containing protein  28.83 
 
 
334 aa  79.3  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.361885 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3798  beta-lactamase domain protein  27.9 
 
 
324 aa  78.6  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.273419  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2888  beta-lactamase domain-containing protein  27.27 
 
 
368 aa  78.6  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0066  beta-lactamase domain protein  27.47 
 
 
334 aa  78.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.391302  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1079  beta-lactamase domain protein  27.3 
 
 
332 aa  79  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0383209  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2131  beta-lactamase domain protein  28.21 
 
 
337 aa  77.4  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0054  beta-lactamase domain protein  28.05 
 
 
334 aa  77  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2059  beta-lactamase domain protein  23.77 
 
 
350 aa  76.6  0.0000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000000271524  normal  0.300872 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4704  beta-lactamase domain protein  24.24 
 
 
325 aa  76.6  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1004  beta-lactamase domain-containing protein  27.16 
 
 
320 aa  75.9  0.0000000000009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.217464 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4206  metallo-beta-lactamase domain-containing protein  25.96 
 
 
317 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2879  AMP-dependent synthetase and ligase  25.48 
 
 
862 aa  74.3  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0050  Beta-lactamase-like  26.85 
 
 
334 aa  74.7  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0991  hypothetical protein  25.74 
 
 
317 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4245  hypothetical protein  25.66 
 
 
317 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3882  Zn-dependent hydrolase  25.51 
 
 
317 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4269  hypothetical protein  26.05 
 
 
317 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3968  beta-lactamase domain-containing protein  24.79 
 
 
317 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0386675  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1013  beta-lactamase domain protein  23.6 
 
 
322 aa  72.8  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.151542  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4516  beta-lactamase domain-containing protein  27.38 
 
 
346 aa  72.8  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3890  zinc metallohydrolase  25.74 
 
 
317 aa  72.4  0.000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.489775  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4159  hypothetical protein  25.74 
 
 
317 aa  72.4  0.000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08650  Zn-dependent hydrolase, glyoxylase  25.23 
 
 
346 aa  70.9  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.637388  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3328  beta-lactamase domain protein  29.34 
 
 
330 aa  70.5  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>