More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3111 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  657    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.49 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 432 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 320 aa  182  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 301 aa  182  9.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  36.08 
 
 		 321 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 312 aa  179  5.999999999999999e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 333 aa  178  9e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 310 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.32 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 342 aa  176  6e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  32.28 
 
 		 316 aa  176  7e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 316 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  33.77 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 315 aa  172  9e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  32.49 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 323 aa  167  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  32.17 
 
 		 314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 315 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 334 aa  165  8e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 315 aa  165  9e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  31.72 
 
 		 316 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  32.59 
 
 		 323 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 322 aa  163  5.0000000000000005e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  30.33 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.46 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  32.46 
 
 		 326 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 394 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  31.46 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 307 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.12 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 304 aa  161  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 316 aa  161  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.56 
 
 		 319 aa  161  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 314 aa  160  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 336 aa  159  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 311 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  34.36 
 
 		 311 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 355 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 355 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 355 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 355 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 355 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 316 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  35.02 
 
 		 301 aa  156  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 307 aa  155  7e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 320 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 320 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 309 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 345 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 309 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 309 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 316 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 309 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2074  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 507 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.834558  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>