More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2857 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  614  1e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 301 aa  332  3e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 315 aa  332  4e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 301 aa  332  6e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 301 aa  332  6e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 301 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 301 aa  329  3e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  53.36 
 
 		 301 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 303 aa  322  7e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 308 aa  309  4e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 307 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 308 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  51.52 
 
 		 310 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 308 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 310 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.17 
 
 		 309 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 311 aa  298  6e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 314 aa  293  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  44.48 
 
 		 300 aa  267  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 305 aa  265  8e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  45.64 
 
 		 314 aa  264  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 313 aa  263  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  45.3 
 
 		 314 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 315 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  44.26 
 
 		 321 aa  238  5.999999999999999e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  41.11 
 
 		 303 aa  208  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 301 aa  187  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 317 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 312 aa  185  6e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 331 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  34.15 
 
 		 301 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  36.27 
 
 		 326 aa  182  6e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 299 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 		 317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 318 aa  179  5.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.01 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  37.63 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  36.36 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  31.85 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 320 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  37.85 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 316 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 432 aa  172  5e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  35.02 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  35.02 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 333 aa  169  6e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 310 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2296  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.671395 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 318 aa  167  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3800  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3724  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.153047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  33.44 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 309 aa  166  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  36.43 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 323 aa  165  6.9999999999999995e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 332 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 319 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 355 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 355 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 355 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 355 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 355 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  35.95 
 
 		 323 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>