More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3138 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 316 aa  650    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  89.14 
 
 		 314 aa  583  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  80.83 
 
 		 314 aa  527  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  77.96 
 
 		 314 aa  497  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  66.23 
 
 		 336 aa  429  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 329 aa  417  1e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  61.41 
 
 		 329 aa  419  1e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  62.34 
 
 		 315 aa  413  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  61.15 
 
 		 314 aa  413  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  58.97 
 
 		 314 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 329 aa  392  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  58.84 
 
 		 316 aa  387  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 317 aa  380  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 308 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 311 aa  189  5e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  33.12 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.28 
 
 		 309 aa  180  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  32.91 
 
 		 309 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  176  6e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 319 aa  176  6e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 432 aa  175  7e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  31.09 
 
 		 306 aa  175  8e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.43 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.76 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.39 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 331 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 318 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 315 aa  172  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.16 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  169  8e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  169  8e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  169  8e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  169  8e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  33.64 
 
 		 327 aa  168  9e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 320 aa  166  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  166  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 321 aa  166  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  32.92 
 
 		 322 aa  163  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 310 aa  162  7e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  34.71 
 
 		 297 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  31.91 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  29.9 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 314 aa  161  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 319 aa  160  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  31.95 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 328 aa  159  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 345 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  33.01 
 
 		 298 aa  159  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  31.9 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  32.79 
 
 		 319 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>