More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2440 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  642    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  87.99 
 
 		 314 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  87.42 
 
 		 310 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  87.1 
 
 		 310 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  84.79 
 
 		 309 aa  549  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  83.17 
 
 		 308 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  83.82 
 
 		 309 aa  542  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  84.59 
 
 		 308 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  83.93 
 
 		 308 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  83.61 
 
 		 307 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 303 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 315 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 301 aa  299  4e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 298 aa  298  6e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 301 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 301 aa  295  8e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 301 aa  295  8e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  48.82 
 
 		 300 aa  295  9e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 301 aa  294  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 301 aa  294  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 305 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 314 aa  268  1e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 313 aa  267  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  43.41 
 
 		 314 aa  265  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 315 aa  262  4e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  44.41 
 
 		 321 aa  249  4e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  39.93 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 300 aa  222  4.9999999999999996e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.75 
 
 		 300 aa  209  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 318 aa  206  5e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  34.22 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 317 aa  200  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  198  7.999999999999999e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.33 
 
 		 300 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  36.79 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 306 aa  192  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  34.62 
 
 		 314 aa  190  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  33.44 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 297 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 332 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  38.13 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 317 aa  185  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 317 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 432 aa  182  8.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 345 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 320 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 320 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 316 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  36.11 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 329 aa  176  4e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 323 aa  176  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  35.13 
 
 		 323 aa  176  4e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 316 aa  176  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 329 aa  175  8e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.36 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  34.01 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 333 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  33.55 
 
 		 326 aa  172  9e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  34.12 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 336 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 317 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 342 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  33.54 
 
 		 314 aa  169  5e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 315 aa  169  7e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 305 aa  169  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 311 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  33 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  29.77 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  34.49 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>