More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5082 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  99.67 
 
 
301 aa  613  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
301 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  98.67 
 
 
301 aa  609  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  98.67 
 
 
301 aa  609  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  97.67 
 
 
301 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  94.68 
 
 
301 aa  567  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  92.95 
 
 
315 aa  547  1e-155  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  70.37 
 
 
303 aa  434  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  54.03 
 
 
298 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 
307 aa  319  3e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 
308 aa  319  3e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 
308 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 
308 aa  318  6e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
310 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.17 
 
 
309 aa  309  5e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 
311 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
314 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  48.81 
 
 
310 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  48.47 
 
 
309 aa  298  8e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 
305 aa  277  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  43.77 
 
 
300 aa  271  8.000000000000001e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 
313 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  44.82 
 
 
314 aa  250  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 
315 aa  249  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  44.48 
 
 
314 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  44.59 
 
 
321 aa  229  4e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 
300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  37.2 
 
 
303 aa  195  7e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 
316 aa  192  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  39.32 
 
 
306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
306 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  34.56 
 
 
301 aa  189  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
301 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  36.79 
 
 
304 aa  185  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.45 
 
 
300 aa  179  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
345 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 
299 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 
305 aa  178  9e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 
305 aa  178  9e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
331 aa  178  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
309 aa  177  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  34.01 
 
 
321 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
332 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
307 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
305 aa  177  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
301 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33 
 
 
300 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  35.96 
 
 
298 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
317 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
314 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  35.27 
 
 
298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
432 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
314 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
306 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
307 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
315 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
310 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
314 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 
316 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
299 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
306 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1897  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
295 aa  169  4e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0520736  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
306 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
310 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 
317 aa  168  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 
306 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
314 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
307 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 
309 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  33.22 
 
 
309 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 
304 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
305 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
320 aa  166  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
319 aa  166  5e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 
333 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
305 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 
310 aa  163  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  35.76 
 
 
301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3800  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3724  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.153047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 
302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  33.11 
 
 
326 aa  162  6e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>