More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_31560 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  99.35 
 
 		 310 aa  639    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  643    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  89.84 
 
 		 314 aa  569  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  87.42 
 
 		 311 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  86.13 
 
 		 308 aa  554  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  86.77 
 
 		 308 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  87.21 
 
 		 309 aa  556  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  86.41 
 
 		 307 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  86.23 
 
 		 309 aa  550  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  86.73 
 
 		 308 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 303 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 315 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 298 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 301 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  50.67 
 
 		 300 aa  302  4.0000000000000003e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 301 aa  298  6e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 301 aa  298  6e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 301 aa  298  8e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 301 aa  297  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  48.17 
 
 		 301 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 305 aa  291  8e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 313 aa  273  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 315 aa  267  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  44.19 
 
 		 314 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  44.19 
 
 		 314 aa  265  8e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  44.93 
 
 		 321 aa  249  6e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  39.8 
 
 		 303 aa  228  7e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 310 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  35.16 
 
 		 317 aa  209  5e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.64 
 
 		 300 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 318 aa  203  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  34.33 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.22 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 432 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  35.33 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  38.39 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 317 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 332 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  33.54 
 
 		 316 aa  188  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  35.35 
 
 		 326 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 317 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  38.06 
 
 		 301 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 316 aa  185  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  34.19 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 316 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 329 aa  182  8.000000000000001e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 329 aa  181  1e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 317 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 314 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  34.33 
 
 		 321 aa  176  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 319 aa  176  5e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 345 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  34.72 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 320 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  36.14 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 320 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  34.56 
 
 		 317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>