More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2073 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 303 aa  621  1e-177  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 300 aa  293  2e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  45.79 
 
 		 314 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  45.45 
 
 		 314 aa  265  8.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 315 aa  258  6e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 313 aa  256  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  45.58 
 
 		 321 aa  250  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  39.8 
 
 		 310 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 310 aa  228  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 308 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 307 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 309 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 311 aa  226  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  38.7 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 314 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.12 
 
 		 309 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  40.13 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 305 aa  212  7e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 307 aa  206  5e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 308 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 308 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 308 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1424  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 439 aa  202  4e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 310 aa  201  9e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0519  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 329 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  36.79 
 
 		 306 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2296  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 309 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.671395 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3690  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.996067 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  196  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3724  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 307 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.153047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 307 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3800  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 307 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 302 aa  195  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5526  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 315 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  34.9 
 
 		 326 aa  188  7e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 301 aa  188  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.56 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.4 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 432 aa  165  9e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  31.53 
 
 		 317 aa  162  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00136  transcriptional regulator, LysR family protein  33.22 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.262446  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 345 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 334 aa  155  8e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  149  6e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 315 aa  149  8e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  29.87 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.67 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 311 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  31.93 
 
 		 311 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 311 aa  146  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 355 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 302 aa  145  6e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 355 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 355 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 355 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 309 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 355 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>