More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3690 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3690  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.996067 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5526  LysR family transcriptional regulator  98.36 
 
 		 306 aa  592  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3724  LysR family transcriptional regulator  88.85 
 
 		 307 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.153047 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3800  LysR family transcriptional regulator  88.85 
 
 		 307 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  88.85 
 
 		 307 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2296  LysR family transcriptional regulator  86.56 
 
 		 309 aa  523  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.671395 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0519  LysR family transcriptional regulator  76.9 
 
 		 329 aa  472  1e-132  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1424  LysR family transcriptional regulator  76.16 
 
 		 439 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  76.16 
 
 		 308 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  76.49 
 
 		 308 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  76.49 
 
 		 308 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  76.49 
 
 		 308 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  76.16 
 
 		 308 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  44.18 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  43.84 
 
 		 314 aa  218  7.999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 300 aa  215  9.999999999999999e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  44.86 
 
 		 321 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  36.55 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  37.46 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 307 aa  185  9e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  35.2 
 
 		 310 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.87 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 309 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  32.65 
 
 		 300 aa  159  6e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 331 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  36.18 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 323 aa  152  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 323 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  33.44 
 
 		 326 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 333 aa  147  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 310 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 317 aa  142  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  31.36 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 326 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2640  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 315 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 334 aa  132  5e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  31.42 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 326 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  29.41 
 
 		 347 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.45 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 301 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  31.7 
 
 		 321 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  32.26 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 432 aa  127  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 326 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  32.29 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>