More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0324 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  669    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  92.55 
 
 		 323 aa  622  1e-177  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  92.55 
 
 		 323 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  92.86 
 
 		 323 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  92.86 
 
 		 323 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  92.48 
 
 		 321 aa  592  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  90.91 
 
 		 319 aa  592  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  90.28 
 
 		 319 aa  588  1e-167  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  90.28 
 
 		 319 aa  587  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  78.3 
 
 		 318 aa  536  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  74.84 
 
 		 320 aa  519  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  77.04 
 
 		 330 aa  518  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  74.76 
 
 		 322 aa  510  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  75.4 
 
 		 327 aa  498  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  74.52 
 
 		 322 aa  497  1e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  69.5 
 
 		 326 aa  444  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  67.86 
 
 		 285 aa  403  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  48.71 
 
 		 327 aa  302  6.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  46.5 
 
 		 323 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  47.32 
 
 		 321 aa  282  5.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 313 aa  279  4e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 313 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 313 aa  259  6e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 313 aa  258  7e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  43.31 
 
 		 313 aa  258  8e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  42.9 
 
 		 311 aa  256  4e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 311 aa  252  7e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 310 aa  229  4e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 314 aa  222  6e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 335 aa  222  7e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 321 aa  202  9e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  34.8 
 
 		 309 aa  185  7e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 243 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  36.01 
 
 		 306 aa  179  8e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 306 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 312 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  34.16 
 
 		 314 aa  169  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 315 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  32.71 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 310 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 308 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 300 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 300 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.96 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.92 
 
 		 323 aa  159  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 323 aa  159  5e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 310 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  34.08 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  32.93 
 
 		 314 aa  156  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.7 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33.75 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  32.6 
 
 		 378 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 329 aa  153  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  34.07 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.25 
 
 		 319 aa  152  8e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.25 
 
 		 319 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 306 aa  152  8.999999999999999e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  31.25 
 
 		 319 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.25 
 
 		 319 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.25 
 
 		 319 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.25 
 
 		 319 aa  152  8.999999999999999e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.25 
 
 		 319 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 319 aa  152  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 299 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 315 aa  151  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 332 aa  150  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 342 aa  150  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 297 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.43 
 
 		 321 aa  149  5e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>