More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0342 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 335 aa  694    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  67.21 
 
 		 313 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  67.54 
 
 		 313 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  67.54 
 
 		 313 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  66.89 
 
 		 313 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  67.21 
 
 		 313 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  69.33 
 
 		 314 aa  434  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  67.21 
 
 		 310 aa  424  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  65.57 
 
 		 311 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  65.9 
 
 		 311 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  65.9 
 
 		 306 aa  423  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  65.25 
 
 		 311 aa  422  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  69.82 
 
 		 243 aa  328  7e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 320 aa  249  4e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  41.88 
 
 		 322 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 327 aa  245  8e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  41.03 
 
 		 323 aa  243  5e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  41.23 
 
 		 327 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 313 aa  241  9e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 322 aa  238  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 323 aa  237  2e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  41.72 
 
 		 321 aa  236  3e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 321 aa  235  8e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 318 aa  231  1e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  41.88 
 
 		 323 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 330 aa  230  3e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 323 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 319 aa  227  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 319 aa  227  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 319 aa  226  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 323 aa  226  6e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  40.76 
 
 		 326 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  38.73 
 
 		 285 aa  206  4e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 321 aa  176  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06876  transcriptional regulator  49.04 
 
 		 160 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  34.92 
 
 		 321 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 322 aa  152  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.13 
 
 		 321 aa  152  8e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 323 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 342 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  31.51 
 
 		 322 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.86 
 
 		 319 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.86 
 
 		 319 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.86 
 
 		 319 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.86 
 
 		 319 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.5 
 
 		 314 aa  142  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.33 
 
 		 319 aa  142  9e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.33 
 
 		 319 aa  142  9e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.33 
 
 		 319 aa  142  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.33 
 
 		 319 aa  142  9e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  33.33 
 
 		 319 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.33 
 
 		 319 aa  142  9e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  31.17 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  30.86 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.53 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 326 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 314 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  29.64 
 
 		 309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 314 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 301 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 315 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 306 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  30.41 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 336 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  29.97 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 312 aa  136  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 306 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 311 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  32.14 
 
 		 321 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  28.91 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  29.39 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 318 aa  134  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  31.61 
 
 		 316 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 318 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 312 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 318 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 306 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>