More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4525.1 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 243 aa  497  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  96.85 
 
 		 311 aa  440  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  96.4 
 
 		 311 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  95.95 
 
 		 311 aa  436  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  94.59 
 
 		 313 aa  427  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  94.59 
 
 		 313 aa  427  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  94.14 
 
 		 313 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  93.69 
 
 		 313 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  91.44 
 
 		 313 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  69.82 
 
 		 335 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  66.22 
 
 		 314 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  63.8 
 
 		 306 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  46.36 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  45.91 
 
 		 322 aa  186  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 323 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  46.19 
 
 		 323 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 322 aa  186  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 323 aa  185  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 320 aa  185  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 321 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 319 aa  182  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  43.06 
 
 		 323 aa  182  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 319 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 319 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  44.55 
 
 		 327 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 330 aa  180  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 327 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  45.5 
 
 		 321 aa  171  7.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  42.74 
 
 		 326 aa  154  9e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  37.62 
 
 		 285 aa  132  5e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  37.17 
 
 		 321 aa  126  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  36.73 
 
 		 321 aa  124  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 333 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  33.66 
 
 		 322 aa  113  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 313 aa  113  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.22 
 
 		 319 aa  113  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 312 aa  113  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  31.22 
 
 		 319 aa  112  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 314 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 341 aa  112  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 310 aa  112  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  32.72 
 
 		 312 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.01 
 
 		 319 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.01 
 
 		 319 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.01 
 
 		 319 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.01 
 
 		 319 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.01 
 
 		 319 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.73 
 
 		 319 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.73 
 
 		 319 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 332 aa  110  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  30.73 
 
 		 319 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  31.36 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.73 
 
 		 319 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.73 
 
 		 319 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.73 
 
 		 319 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.73 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.91 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  109  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 342 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 306 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 306 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 310 aa  108  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 324 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 305 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 302 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 299 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2008  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0820401  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 316 aa  106  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.85 
 
 		 323 aa  106  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  34.26 
 
 		 341 aa  105  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 298 aa  105  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 313 aa  105  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 303 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 315 aa  104  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  33.18 
 
 		 304 aa  104  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 316 aa  104  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 322 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.94 
 
 		 302 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 309 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 300 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 300 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 324 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 314 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 307 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>