More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4020 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  100 
 
 		 321 aa  660    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  94.39 
 
 		 321 aa  632  1e-180  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  68.99 
 
 		 322 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  65.76 
 
 		 319 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  65.76 
 
 		 319 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  65.76 
 
 		 319 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  65.76 
 
 		 319 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  65.76 
 
 		 319 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4146  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  62.68 
 
 		 289 aa  388  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.690758  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  61.56 
 
 		 319 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  61.56 
 
 		 319 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  61.56 
 
 		 319 aa  385  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  61.56 
 
 		 319 aa  385  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  61.56 
 
 		 319 aa  385  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  61.56 
 
 		 319 aa  385  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  61.56 
 
 		 319 aa  385  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  61.25 
 
 		 319 aa  384  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  61.25 
 
 		 319 aa  381  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06633  transcriptional regulator  67.77 
 
 		 212 aa  318  7e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3261  LysR family transcriptional regulator  89.29 
 
 		 140 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 320 aa  159  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 330 aa  154  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 322 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  31.11 
 
 		 322 aa  153  5e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 313 aa  153  5e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 313 aa  150  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 323 aa  149  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 311 aa  149  5e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 311 aa  149  7e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  31.31 
 
 		 327 aa  149  8e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  32.7 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 327 aa  145  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  28.94 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 323 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 335 aa  142  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.19 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 310 aa  136  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 323 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 319 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 243 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  30.53 
 
 		 285 aa  123  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  29.62 
 
 		 326 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 322 aa  120  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 332 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  27.04 
 
 		 309 aa  105  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 306 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 306 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 301 aa  102  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 314 aa  99.8  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 306 aa  99.8  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  27.76 
 
 		 304 aa  98.2  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  24.92 
 
 		 317 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 334 aa  97.8  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 315 aa  97.4  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 304 aa  96.7  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 313 aa  96.3  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 312 aa  96.3  6e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 324 aa  96.3  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  27.9 
 
 		 314 aa  96.3  7e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 314 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 295 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6204  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 326 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  24.53 
 
 		 309 aa  94.4  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 307 aa  93.6  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>