More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1773 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  627  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  72.13 
 
 		 310 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  71.33 
 
 		 314 aa  441  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  65.13 
 
 		 313 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  64.8 
 
 		 313 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  65.9 
 
 		 335 aa  422  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  64.47 
 
 		 313 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  64.47 
 
 		 313 aa  420  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  62.42 
 
 		 311 aa  418  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  63.82 
 
 		 313 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  62.09 
 
 		 311 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  62.09 
 
 		 311 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  63.8 
 
 		 243 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  46.02 
 
 		 321 aa  272  5.000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  43.61 
 
 		 322 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 320 aa  258  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 323 aa  249  3e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 327 aa  249  4e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  41.64 
 
 		 327 aa  249  5e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 322 aa  248  8e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 318 aa  243  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  42.3 
 
 		 323 aa  242  5e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 321 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 330 aa  239  4e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  42.95 
 
 		 323 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  41.75 
 
 		 323 aa  237  2e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 313 aa  236  3e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 323 aa  235  8e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 323 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 319 aa  230  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 319 aa  230  3e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 319 aa  228  7e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  39.87 
 
 		 326 aa  210  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  39.78 
 
 		 285 aa  208  1e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06876  transcriptional regulator  53.64 
 
 		 160 aa  179  7e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  30.13 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 322 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  34.21 
 
 		 312 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 306 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 312 aa  146  4.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 302 aa  145  7.0000000000000006e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.52 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 313 aa  145  9e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  28.25 
 
 		 323 aa  144  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.84 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  30.93 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.74 
 
 		 319 aa  143  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.74 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.74 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.74 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  31.74 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.74 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.74 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  30.16 
 
 		 316 aa  143  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  32.54 
 
 		 322 aa  142  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  34.56 
 
 		 319 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  34.56 
 
 		 319 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  34.56 
 
 		 319 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  34.56 
 
 		 319 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 432 aa  142  8e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.06 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  34.23 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 301 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 317 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.14 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  29.57 
 
 		 321 aa  139  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.47 
 
 		 321 aa  139  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 318 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  29.29 
 
 		 313 aa  135  6.0000000000000005e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 341 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  28.19 
 
 		 378 aa  135  8e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 306 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>