More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1036 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  100 
 
 		 313 aa  637    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  66.99 
 
 		 313 aa  449  1e-125  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  65.18 
 
 		 314 aa  444  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  65.06 
 
 		 341 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  62.82 
 
 		 318 aa  419  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  53.8 
 
 		 305 aa  317  1e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  52.3 
 
 		 306 aa  315  9e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 310 aa  301  1e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  34.78 
 
 		 309 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 310 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 322 aa  153  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 330 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 323 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  32.2 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  30.13 
 
 		 314 aa  142  7e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 313 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  32.3 
 
 		 327 aa  142  8e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 307 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 314 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 313 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 319 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 319 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 336 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  32.28 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 326 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 315 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 323 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 342 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  30.38 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 329 aa  133  3e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 316 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2346  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  29.8 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 333 aa  132  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 323 aa  132  5e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  32.92 
 
 		 326 aa  132  6e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 323 aa  132  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  29.77 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  32.18 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  33.44 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 317 aa  129  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.39 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  31.83 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 318 aa  129  8.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 314 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  30.95 
 
 		 321 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  32.63 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.33 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>