More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0253 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  660    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  81.45 
 
 		 318 aa  554  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  79.31 
 
 		 330 aa  528  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  75.16 
 
 		 323 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  77.12 
 
 		 322 aa  523  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  74.84 
 
 		 323 aa  519  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  75.79 
 
 		 323 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  75.47 
 
 		 323 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  75.16 
 
 		 323 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  74.05 
 
 		 322 aa  500  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  76.36 
 
 		 319 aa  498  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  76.04 
 
 		 319 aa  496  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  76.36 
 
 		 319 aa  496  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  75.72 
 
 		 321 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  72.41 
 
 		 327 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  68.97 
 
 		 326 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  67.49 
 
 		 285 aa  421  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 327 aa  300  1e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  46.33 
 
 		 323 aa  286  2.9999999999999996e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  47.47 
 
 		 321 aa  283  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 313 aa  276  3e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  43.83 
 
 		 313 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 313 aa  261  1e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 313 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  42.49 
 
 		 313 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 313 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 311 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  42.04 
 
 		 311 aa  258  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  42.04 
 
 		 311 aa  257  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 310 aa  245  9e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 314 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 335 aa  231  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 321 aa  210  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 243 aa  185  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  35.6 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  31.94 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 311 aa  176  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  34.45 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  33.33 
 
 		 316 aa  170  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 312 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.33 
 
 		 321 aa  162  9e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.22 
 
 		 319 aa  159  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 319 aa  159  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.7 
 
 		 321 aa  159  7e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.89 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  32.89 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.89 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.89 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.89 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.89 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.01 
 
 		 319 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.01 
 
 		 319 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.01 
 
 		 319 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.01 
 
 		 319 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 341 aa  155  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.21 
 
 		 319 aa  155  7e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 314 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 306 aa  155  9e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 323 aa  155  9e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  32.92 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.68 
 
 		 319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 318 aa  153  5e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.52 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 317 aa  152  7e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 308 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  30.45 
 
 		 301 aa  152  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 329 aa  151  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  33.02 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 329 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  33.44 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  31.61 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 308 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 314 aa  149  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  149  8e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  33.86 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.74 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  30.35 
 
 		 378 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>