More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3945 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  652    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  83.28 
 
 		 312 aa  542  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  76.8 
 
 		 306 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  77.78 
 
 		 311 aa  503  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  76.14 
 
 		 306 aa  497  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  76.8 
 
 		 306 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  75.49 
 
 		 306 aa  494  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  75.16 
 
 		 306 aa  494  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  74.51 
 
 		 306 aa  483  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  55.12 
 
 		 378 aa  359  3e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  55.05 
 
 		 315 aa  353  2e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0405  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 324 aa  342  2.9999999999999997e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00196923  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1081  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  52.82 
 
 		 302 aa  337  9.999999999999999e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 320 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 323 aa  166  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 323 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 327 aa  160  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 330 aa  160  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 313 aa  155  7e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  29.07 
 
 		 323 aa  154  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 322 aa  154  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.9 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  31.19 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  31.76 
 
 		 326 aa  149  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.49 
 
 		 327 aa  144  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  28.16 
 
 		 285 aa  129  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  29.47 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 313 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  27.27 
 
 		 309 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 313 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 303 aa  119  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 310 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 304 aa  119  9e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  28.23 
 
 		 304 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 314 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  25.32 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  27.65 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 313 aa  113  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  28.66 
 
 		 321 aa  112  9e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 313 aa  112  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0997  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.940452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  23.84 
 
 		 310 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 353 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 307 aa  108  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 321 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 342 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 301 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 319 aa  106  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.08 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  25.81 
 
 		 319 aa  105  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  24.68 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  25.81 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  26.38 
 
 		 341 aa  103  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 323 aa  102  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>