More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0978 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  583  1.0000000000000001e-165  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  83.56 
 
 		 298 aa  493  9.999999999999999e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  81.48 
 
 		 297 aa  475  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  85.08 
 
 		 314 aa  477  1e-133  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  80.68 
 
 		 298 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  74.58 
 
 		 304 aa  442  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  70.17 
 
 		 295 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  68.92 
 
 		 304 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  59.18 
 
 		 306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  58.04 
 
 		 309 aa  295  7e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  56.38 
 
 		 308 aa  292  4e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 301 aa  278  8e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 301 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 301 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 301 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 295 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  51.97 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 321 aa  259  4e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  44.85 
 
 		 319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 319 aa  251  7e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 325 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 323 aa  248  6e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 325 aa  248  7e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 305 aa  246  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 310 aa  241  7e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 319 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 339 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 339 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 301 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 307 aa  228  7e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  44.52 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 353 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 313 aa  215  7e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 323 aa  213  3.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  43.67 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  44.12 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  41.4 
 
 		 328 aa  187  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 278 aa  182  5.0000000000000004e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  43.26 
 
 		 307 aa  165  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  34.19 
 
 		 322 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  34.42 
 
 		 327 aa  160  4e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.55 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 320 aa  150  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 330 aa  150  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 314 aa  149  7e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  32.79 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 329 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  36.18 
 
 		 326 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 329 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  32.54 
 
 		 309 aa  145  9e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 322 aa  143  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 314 aa  143  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  30.77 
 
 		 316 aa  143  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 315 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 315 aa  142  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  35.05 
 
 		 321 aa  142  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 322 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.55 
 
 		 321 aa  142  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 334 aa  140  3.9999999999999997e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 318 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 323 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 314 aa  139  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 315 aa  139  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 309 aa  139  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 319 aa  139  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 319 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 323 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 323 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 323 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 432 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>